В 1809-1811 годах каменная ограда с 3 небольшими угловыми башнями сменила прежнюю деревянную. Трехсвятительский храм упразднен в 1838 году, к нему была пристроена братская трапезная в 1843-1850 годах. Это прямоугольное в плане здание с 3-скатной кровлей. Декор трапезной крайне аскетичен. В XIX веке были также построены каменные 2-этажный келейный корпус, в 1825 году, и др. здания, в том числе каменный житный амбар, в 1811 году, деревянная гостиница для богомольцев, в 1819 году, за стенами обители. Близ монастыря находилась деревянная часовня.
5 мая 1990 года, в день обретения мощей преподобного Иакова, крестный ход от Борков к монастырю возглавлял епископ Костромской и Галичский Александр Могилёв. Среди руин обители был совершен праздничный молебен. Указом Архиепископа Александра от 1 мая 1995 года в бывшем монастыре было организовано приписное подворье Ипатиевского монастыря во имя Святой Троицы монастыря во главе с настоятелем иером. Адрианом Антиповым. Решением Священного Синода от 17 августа 2004 года подворье было преобразовано в монастырь, настоятелем назначен Ферапонт Кашин.
Регулярные будничные службы совершаются в домовой церкви во имя Трех святителей, устроенной в 1998 году в трапезном корпусе XIX века.
