С середины XVIII века село Малый Сундырь являлось центром крупного церковного прихода. Первое теплое деревянное здание церкви в селе Малый Сундырь было построено во имя Живоначальной Троицы в 1754 году, а второе холодное в честь «Введения во храм Пресвятой Богородицы» — в 1764 году за счет средств прихожан по настоянию миссионера архимандрита Самуила, настоятеля Чебоксарского мужского монастыря.
В связи с обветшанием деревянных зданий, в 1829 году на средства прихожан была построена теплая двухпрестольная каменная церковь во имя Святой Троицы с приделом в честь «Введения во храм Пресвятой Богородицы». В то время церковь выглядела чудесно: мраморные колонны у парадного входа, сверкающие купола, белоснежные стены, ограда из красного кирпича и железных кружев, высоко взметнувшаяся колокольня со множеством колоколов. Внутреннее убранство церкви также отличалось большим великолепием. Иконостасы в храме были вызолочены, а главный из них считался одним из лучших в Козьмодемьянском уезде.
Церковь в селе Малый Сундырь действовала почти два столетия, с 1754 года по 1940 года. Как и многие другие храмы, в советские годы была закрыта. Но в девяностые годы возродиться вместе с другими храмами Свято-Троицкому было не суждено: трагические последствия строительства Чебоксарской ГЭС. Большое красивое село Малый Сундарь, где были школа, магазин и две соседние деревни оказались в зоне затопления. Население переселили, село и деревни снесли.
Церковь осталась. Пропали иконы, скинули и увезли куда-то колокола. Распоряжением Совета Министров от 27 августа 1965 года храм предписано было разрушить, а само церковное здание разобрать для использования материалов на строительство хозяйственных объектов колхоза «Сила». До начала реставрационных работ сохранились лишь покосившаяся колокольня и небольшая часть основного здания, сиротливо возвышающиеся рядом с кладбищем в опустевшем селе.
В 2003 году храм начали реставрировать заново. За работу принялся приход храма «Сошествия Святого Духа на апостолов» из соседнего села Усола во главе с настоятелем иереем Александром Малиновым. Потихоньку с Божией помощью обновили кладку, восстановили алтарь, подняли купол, установили крест. Сделали заново кровлю, вставили окна. Сейчас идет реставрация колокольни.
По благословению Владыки в восстанавливающемся храме начались богослужения. Сегодня Свято-Троицкий каменный храм стоит один-одинешенек. Нет уже больше села Малый Сундырь, нет соседних деревень. И, тем не менее, храм жив и вновь звучит под его обновленными сводами молитва.