Первая деревянная Троицкая церковь была построена в 1879 году, но она осталась приписной к Благовещенскому храму села Шестакова, обширный приход которого включал и деревню Вагинскую, территориально расположенную в заречной части. Сведений о том, как выглядел этот храм, не сохранилось. Место под постройку отводил архитектор М. В. Дружинин. Вероятнее всего, он и явился автором деревянного храма либо осуществил «привязку» одного из образцовых проектов, которые широко использовались в те годы для строительства в сельской местности.
Самостоятельный приход образовался здесь только в 1888 году. На то время в нем насчитывалось 160 дворов, где проживали более 1500 человек. 1 сентября 1887 года в селе открылась начальная земская школа. Двухэтажный деревянный дом для размещения школы был безвозмездно передан церковным причтом. Позднее для школы построили отдельное здание, рассчитанное для обучения 20 мальчиков и 10 девочек.
К началу XX века возникла потребность в возведении нового каменного храма. Работы велись на средства прихожан, денег не хватало, поэтому строительство затянулось. Возможность активизировать его появилась после назначения настоятелем будущего храма священника М. С. Елабужского, которому удалось не только организовать дополнительные сборы с прихожан, но и привлечь к пожертвованиям состоятельных жителей Слободского и Вятки. Церковь освятили в канун 1912 года. Кроме главного Троицкого престола, там имелся придел во имя Нерукотворного образа Спасителя.
Первый год после освящения новой каменной церкви прихожан было более 2200 человек, а приход состоял из 41 селения. По данным на 1916 год, в селе было 3 двора церковнослужителей, где проживали 14 человек, 29 крестьянских дворов с населением более 160 человек, имелись земская одноклассная школа волостное правление, фельдшерский пункт. Ликвидация села прошла в 1970-е годы в рамках программы по укрупнению колхозов.
Вагино знаменито тем, что в начале 1760-х годов здесь, тогда еще в деревне, в семье черносошного крестьянина А. И. Анфилатова родился знаменитый предприниматель и меценат Ксенофонт Алексеевич Анфилатов. Анфилатов первым из русскиx купцов завел непосредственные торговые отношения с Северо-Американскими Соединенными Штатами, основал в городе Слободском первый в российской провинции частный банк.
Церковь Троицы — наиболее обособленный памятник в районе, запущенность которого компенсирована высоким историко-эстетическим духом местности и заманчивостью преодоления трудностей в стремлении к знакомству с этим интересным храмом для познания его архитектурных достоинств.
Компактный четырехстолпный крестово-купольный одноглавый храм центрического типа. Поразительный силуэт здания даже при условии значительных потерь его главных высотных компонентов обеспечен доминирующим объемом светового барабана с кровлей в виде граненого купола и щипцовыми завершениями восточного и боковых фасадов. С запада основную композицию памятника дополняют нижний ярус колокольни и трапезная-переход. Трактовка архитектурно-декоративных форм тяготеет к русско-византийскому стилю. Кирпичные стены, не имевшие первоначального отделочного покрытия, сохраняют на фасадах следы поздней известковой побелки. Изнутри кирпичная поверхность стен и сводов была оштукатурена, побелена и украшена лепным алебастровым орнаментом, который выделял контуры проемов, распалубок, карнизов и других деталей интерьера.
Автор проекта памятника документально не установлен. Однако стилевая манера композиционной и декоративной трактовки фасадов, свойственная периоду начала XX века, выдает творческий почерк И. А. Чарушина. Аналогичный храм с подтвержденным подписанными проектными чертежами авторством этого архитектора сохранился в с. Заево соседнего Нагорского района.
В плане собственно храм представляет собой крупный квадрат с выбранными по трапеции углами. Этот прием создает очертание равноконечного греческого креста с широкими, но короткими ветвями. Массивные пилоны поддерживают перекрытый куполом барабан, который снаружи имеет форму двенадцатигранника. Интерьер периферийной части храма насыщен повторяющимися отсеками, пространство которых живописно ограничивают по высоте арки разного пролета и цилиндрические своды с распалубками. Сохранилась двухступенчатая солея с клиросами у восточных пилонов и полукруглым амвоном, а также трехъярусная деревянная рама иконостаса главного престола с уцелевшими фрагментами резьбы. Три дверных проема расположены в диагональных направлениях плана. Восьмигранный притвор под колокольней дополнен по сторонам прямоугольными помещениями палаток. Глава храма, верхние ярусы колокольни и крыльцо западного портала с лестницей и папертью утрачены.
Декоративное оформление поверхности фасадов хотя и соответствует общим стилистическим мотивам памятника, по сути своей эклектично. Плоскость стен барабана обработана горизонтальным рустом, имитирующим «полосатую» византийскую кладку, и плавными дугами килевидных кокошников сложного профиля, дополненного крупным сухариком. Подобный декор верхней части стен, обогащенный высоким поребриком, украшает нижний ярус памятника. Плоскости главных фасадов прорезаны крупными трехчастными «итальянскими» окнами с очерченными архивольтами арочными перемычками. Центральные проемы, которые подчеркивают оси фасадов, значительно выделены по высоте и ширине. Композицию возвышения осевой части стен развивают карнизные скаты высоких щипцов, которые поддерживаются аркатурными лентами. Художественная обработка именно этих фрагментов выполнена наиболее выразительно.
