Село Ефимьево было подарено боярином Шеиным Ростовскому Богоявленскому монастырю в 1564 году, и принадлежало ему до 1764 года. По приписным книгам 1678 года известно, что в XVII веке здесь стояла деревянная церковь Святителя Николая Мирликийского «при ней поп Семен, в селе 14 дворов крестьянских и 13 бобыльских с населением 116 душ мужского пола».
В 1693 году строится новая церковь, видимо первая погорела, во имя Живоначальной Троицы. Эта церковь заменяется новой в 1779 году. Незадолго до этого, в 1776 году возводится еще одна церковь опять с посвящением Святителю Николаю.
Но церкви простояли лишь до 1818 года, когда на их месте возводится ныне существующая каменная церковь Святой Троицы с приделом Николая Мирликийского.
В 1892 году при церкви была открыта земская народная школа. Известно, что в 1893 году в ней было уже 38 учащихся.
В советское время храм был закрыт и разорен. Сломана его колокольня и купол. В настоящее время храм возвращен верующим. Ведутся ремонтные работы.
