Первая деревянная церковь была построена в 1751 году, придельный престол освящен 22 сентября 1751 года во имя Святой Великомученицы Екатерины. В 1754 году было завершено строительство главной холодной церкви, которая была освящена 25 августа 1754 года во имя Святого Николая. 29 января 1756 года церковь сгорела. До строительства новой церкви богослужения совершались в часовне, построенной в 1742 году.
Вторая деревянная церковь была построена в 1760 году, придел освящен 16 ноября 1760 года в честь Святой Великомученицы Екатерины, главная церковь освящена 8 октября 1767 года во имя Святого Николая. Церковь существовала до 1854 года.
5 июня 1816 года Вятской духовной консисторией дана храмозданная грамота на строительство каменного храма. Церковь строилась на средства прихожан. В 1823 году был освящен престол в каменной церкви во имя Святого Николая, в 1846 году освящен главный престол во имя Святой Троицы. Кроме Николаевского престола в теплой церкви был устроен второй престол во имя Святого Благоверного князя Александра Невского. В 1882 году храм был расширен, и два бывших престола перенесены во вновь произведенную пристройку и поставлены рядом с главным престолом в честь Святой Троицы. Оба престола вновь освящены 12 декабря 1884 года: правый – в честь Святого Николая Чудотворца, левый – в честь Святого Благоверного князя Александра Невского. В церкви был устроен также четвертый придел – пещерный, который был освящен 5 ноября 1890 года в честь Казанской иконы Божьей Матери.
В 1883 году открыта церковно-приходская 2-классная школа.
Свято-Троицкая церковь была закрыта на основании Указа Президиума Верховного Совета УАССР от 29 января 1939 года. Здание передано под культурное учреждение.
8 апреля 2004 года был заложен первый камень с памятной табличкой в основание новой церкви в честь Святой Живоначальной Троицы и установлен поклонный крест. В августе 2004 года начато строительство. Храм построен за два с небольшим года на личные пожертвования Хорошавцева Виктора Геннадьевича. 1 октября 2005 года настоятель Свято–Троицкого молитвенного дома торжественно освятил крест главного купола храма. В тот же день крест был установлен на храм. 10 октября 2010 года Митрополит Ижевский и Удмуртский Николай Шкрумко совершил Великое освящение Свято–Троицкого храма села Дебёсы.
