Первая деревянная церковь в селе Юргинское была построена в 1800 году «тщанием прихожан», как указывается в «Ведомостях о церкви Святыи Живоначальные Троицы Ялуторовского уезда Юргинского села за 1852 год».
В 1852 году в селе Юрга вновь была перестроена, поставлена на каменный фундамент и освящена деревянная двухпрестольная церковь во имя Святой Троицы и Трех Святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. В начале XX века деревянный храм был разобран, перевезен и вновь поставлен в деревне Володино, где после революции полностью разрушен.
В 1897 году архитектором Б. Цинке был разработан проект каменной двухэтажной церкви. К 1904 году силами и усердием прихожан и купца 1-ой гильдии А. Кузнецова была выстроена и освящена каменная церковь, как и прежняя, во имя Святой Троицы и Трех Святителей. Старые люди рассказывали, что на строительство церкви собирали яйца со всех деревень, а кирпичи с кирпичного завода на телеги не грузили – передавали из рук в руки. Строительством храма в то время руководил зодчий Зорин, уроженец деревни Хмелевка. Еще юношей он ушел в европейскую часть России, чтобы обучиться мастерству строительства храмов.
На 1904 год в приход Свято-Троицкой церкви входили деревни Палецкая, Колычева, Володино, Ахмыцкая, Заворуева, Хмелевка, Боровый Выселок. Прихожан насчитывалось около 6000 человек. Штат Свято-Троицкой церкви состоял из двух священников, одного диакона, двух псаломщиков.
Последним настоятелем до закрытия храма был Николай Павлович Румянцев. Матушка отца Николая преподавала в церковно-приходской школе.
Для причта были построены два деревянных дома. Место нахождения одного неизвестно, а во втором находился музей и Дом ветеранов.
С 1884 года в селе была открыта церковно-приходская школа, которая была учреждена в 1842 году. В 1897 году церковно-приходская школа открылась в деревне Володино.
В 1933 году церковь была закрыта. Последним старостой был Александр Мезенцев, житель деревни Заозерная. Вскоре с церкви был снят крест, сброшены колокола и разрушена колокольня. Сама церковь была разграблена. В этом же году в Свято-Троицком приделе был расположен зерносклад, а в приделе Трех Святителей – конюшня для племенных лошадей. В скором времени вместо конюшни на первом этаже была устроена тракторная школа, где рабочие изучали тракторное дело. До 1972 года в Свято-Троицком приделе храма был расположен клуб, а в приделе Трех Святителей – кинотеатр. С 1972 по май 1974 года здание не использовалось. В мае 1974 года в Трехсвятительском приделе, на первом этаже, размещались в алтаре – детская библиотека, в центральной части – районная библиотека. В Свято-Троицком приделе на втором этаже в разное время размещались: общежитие, отдел культуры, Дом пионеров и музыкальная школа.
В конце 1993 – начале 1994 года возобновилась деятельность прихода Свято-Троицкого храма. В мае 1994 года во время миссионерской поездки храм посетил Епископ Тобольский и Тюменский Димитрий, который благословил Приходской совет решить вопрос о передаче здания церкви приходу и о проведении там ремонтно-восстановительных работ.
14 октября 1994 года детскую библиотеку, которая находилась в алтаре, перевели в другое здание, а прихожанам выделили небольшой уголок справа от алтаря. В апреле 1995 года перевели в другое помещение и районную библиотеку. В то же время начались реставрационные работы в церкви. В середине 1995 года была разобрана перегородка, отделяющая алтарь от основной части храма в Трехсвятительском приделе. Школа искусств освободила Троицкий придел в 2002 году.
В 1997 году из села Шипакова привезен колокол, который был сохранен прихожанами Шипаковской церкви во имя святителя Николая при разрушении храма.
В 2002-2003 годах восстановлена разрушенная колокольня. В 2003 году установлен главный купол. В 2004 году оштукатурен фасад здания.
При финансовой поддержке благотворителей в 2005 году для церкви были приобретены колокола, которые на праздник Благовещения Пресвятой Богородицы, 7 апреля 2005 года, были освящены и подняты на вновь выстроенную колокольню.
В период с 2006 года по 2009 год при финансовой поддержке Администрации района проводятся ремонтно-восстановительные работы в приделе Святой Троицы, предполагается их проведение также в нижнем, Трехсвятительском приделе.
С сентября 2004 года настоятелем прихода назначен выпускник Тобольской духовной семинарии иерей Андрей Тимошенко.
