Церковь во имя Святой Марии Магдалины построили в 1888 году в память об императрице Марии Александровне — матери Александра III. Участок для строительства на территории Гефсиманского сада в 1882 году приобрел руководитель Русской духовной миссии архимандрит Антонин (Капустин). Автором проекта семикупольного храма с колокольней, возведенного из серого иерусалимского камня, стал зодчий Давид Гримм. Иконы для храма писали Василий Верещагин и Сергей Иванов.
С началом Первой мировой войны храм закрыли. В 1917 году в нем снова возобновились богослужения. В 1921 году в церкви захоронили останки мученически погибших великой княгини Елизаветы Федоровны и ее келейницы Варвары. В 1930-х годах при церкви начала действовать православная община, которая в 1988 году получила статус монастыря. В настоящее время в монастыре проживают более 30 сестер, главным образом русских из Австралии.
