Церковь расположена в Гефсимании, недалеко от гробницы Богородицы, на склоне Елеонской горы. Построена Императорским православным палестинским обществом на средства императорской семьи, в память об императрице Марии Александровне. Освящена в 1888 году в честь святой Марии Магдалины. С 1921 года в церкви хранятся мощи святых преподобномучениц великой княгини Елизаветы Федоровны и инокини Варвары.
Строительство храма в память императрицы Марии Александровны было предложено начальником Русской духовной миссии в Иерусалиме – архимандритом Антонином (Капустиным). Он же предложил участок для возведения церкви на склоне Елеонской горы. К осени 1882 года земля была куплена. Архитектор Давид Гримм составил проект, и церковь была заложена 21 января 1885 года. Вело строительный проект Императорское православное палестинское общество под наблюдением и руководством архимандрита Антонина. Сами работы по строительству храма вели иерусалимские архитекторы Конрад Шик, а затем Георгий Франгия. На сооружение храма Александр III внёс 100 тысяч рублей, его четверо братьев – по 15 тысяч; великая княжна Мария Александровна – 5 тысяч рублей. Патриарх Иерусалимский освятил храм в октябре 1888 года в присутствии великих князей Сергея Александровича и Павла Александровича и великой княгини Елизаветы Фёдоровны.
В январе 1921 года в церкви были погребены доставленные из России через Китай тела мученически погибших великой княгини Елизаветы Фёдоровны и её келейницы Варвары. Погребение совершал патриарх Иерусалимский Дамиан.
В 1934 году по благословению митрополита Анастасия перешедшая в православие шотландка Мария (Робинсон) основала здесь женскую православную общину во имя Воскресения Христова, став его настоятельницей. Поселилась она с частью сестёр своих в русской части Гефсиманского сада у церкви святой Марии Магдалины, где удалось установить ежедневное богослужение и наладить монашескую жизнь.
При общине была организована школа для православных детей арабов, существующая и в настоящее время.
В 1988 году, по случаю столетия освящения церкви Святой Марии Магдалины, Гефсиманская община была возведена в ранг монастыря.
На территории храма похоронена принцесса Алиса Баттенберг, мать принца Филиппа, мужа королевы Елизаветы II.
Семиглавый однопрестольный храм сооружён из бело-серого иерусалимского камня и является образцом русской архитектуры московского стиля. Церковь имеет небольшую колокольню. Иконостас из белого мрамора с бронзовым орнаментом. Пол выполнен из разноцветного мрамора. Иконы для иконостаса написали художники Сергей Иванов и Василий Верещагин. На алтарной арке находится известное изображение –«Мария Магдалина перед римским императором Тиверием» Сергея Иванова. Кроме Верещагина и Иванова, живописные работы выполняли Алексей Корзухин, Александр Соколов, Евграф Сорокин.
