Храм Святого Ильи связан с двумя другими русскими церквями Стамбула, так как они принадлежат монастырю Святого Пантелеймона на горе Афон, но управляются Вселенским патриархом Константинопольским. Храм Святого Ильи является самым старым местом православного культа Стамбула, он построен в типичном стиле XIX века. Капелла, построенная 134 года тому назад, стала главной церковью для русских беженцев, покинувших Россию после октябрьской революции 1917 года.
Стамбул был популярным городом среди русских паломников, следующих в Святую землю или на Афон. Останавливались они недалеко от порта, именно поэтому три православных храма Стамбула находятся в этом районе буквально в соседних домах. Один из них — расположенный на шестом этаже паломнического подворья храм Святого Пророка Илии. Его построили в 1870-е годы, и до 1914 года в нем регулярно проводились богослужения.
После начала Первой Мировой войны и до 1934 года церковь переходила из рук в руки — от русского духовенства к турецким властям и обратно. С 1934 и по 1972 год она работала на регулярной основе. Но затем служивший в храме батюшка умер, нового константинопольский патриарх не назначил, и храм оказался заброшенным. В настоящее время планируется восстановление церкви.
