В XIX — начале ХХ века Стамбул был частой остановкой у паломников на пути на Афон или в Святую землю. Для них недалеко от порта было построено подворье, на шестом этаже которого размещался храм. В 1914 году русское подворье было занято турецкими властями под склад, однако уже в 1918-м оно снова открылось.
После Октябрьской революции в Стамбул хлынул большой поток русских эмигрантов, и церковь Святого Апостола Андрея Первозванного стала для них одним из центров притяжения. В 1928–1929 годах ее интерьеры расписал художник Николай Перов. Хотя в 1930-е церковь на время закрывалась, начиная с 60-х годов по 90-е годы ХХ века она являлась единственным действующим храмом Стамбула. Сегодня богослужения в церкви совершаются нерегулярно.
