Ещё с 1510 года на этом месте стояла деревянная церковь, об этом свидетельствуют архивные документы. Строительство каменной церкви началось в 1737 году. Главный и единственный престол церкви был освящен в честь Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня. Храм имел богатое внутреннее убранство, в том числе был украшен уникальным резным иконостасом с драгоценными камнями и жемчугом, что соответствовало образу всей усадьбы. Эта церковь и по сегодняшний день является частью архитектурно-художественного ансамбля Кусково.
Церковь Спаса Всемилостивого в Кускове считается одним из редких и сохранившихся архитектурных памятников Москвы в стиле «аненнского барокко», то есть архитектурного стиля барокко эпохи Анны Иоанновны.
История храма тесно связана с царствующим домом Романовых. Посещая усадьбу Шереметевых, в храме Всемилостивого Спаса в Кускове молились царственные особы, среди них: императрицы Елизавета Петровна и Екатерина II, император Александр III с царицей Марией Федоровной и наследником – будущим императором Николаем Александровичем, император Николай II с наследником.
В 1919 году усадьба Кусково получила статус Государственного музея, а находившееся на территории музея здание церкви было переоборудовано в подсобное складское помещения. В таком виде здание просуществует до 1991 года, когда её заново осветят.
После продолжительного ремонта, церковь вновь открыла свои двери для прихожан. Храм имеет статус объекта культурного наследия Российской Федерации.
