Село Санниково впервые упоминается в писцовых книгах XVI века. В то время оно было вотчиной рода Борисовых. Упоминается храм во имя святителя Николая Чудотворца.
В 1864 году построен каменный храм во имя Преображения Господня и с приделом в теплом храме во имя святителя Николая Чудотворца. Хозяйкой села была боярыня Мария Ростова. К концу XVIII века в селе было порядка 60 хозяйств, церковно — приходская школа.
Храм был полностью достроен в 1897 году. Имел два придела: главный в холодном храме в честь Преображения Господня и придел Святителя Николая Чудотворца в теплом храме. Колокольня была высотой 35 метров и имела пять колоколов, самый большой был весом в 4 тонны.
В приход Санниковского храма входили ещё четыре деревни: Степаньково, Березовка, Саксино и Ивань.
При советской власти здесь был образован колхоз «Организованный труд». Храм разрушили в 1936 году. Школа простояла до 1969 года. В 30 годах местный колхоз вошел в состав колхоза «Борьба» с центральной усадьбой в деревне Степаньково. Школа тоже влилась в Степаньковскую восьмилетнюю школу.
В настоящее время Село Санниково входит в состав Борисоглебского сельское поселение. На территории села находятся 80 домов и местных жителей по последней переписи 2010 года прописано 58 человек. К радости местных жителей начато восстановление Спасо-Преображенского храма в 2013 году.
