Храм возрождается благодаря группе единомышленников. Беседуя после молебнов у стен полуразрушенного сруба Спасо-Преображенского храма в Гладышево, священники и прихожане рассуждали о том, как бы построить на святом месте хотя бы небольшую часовенку. И даже пытались собирать деньги. Но то ли денег не хватало, то ли людей–организаторов не было, то ли просто это надо было вымолить, но дело долгие годы с места не двигалось. И вот однажды уроженец деревни Гладышево, проживающий в г. Гусь-Хрустальный, Зякин Андрей, рассказал, что пообещал Богу за чудесное исцеление сына начать восстанавливать храм. И действительно, завез к храму лес, начал укреплять фундамент. Но одному поднять храм оказалось тяжело. Тогда за дело взялись всем миром. Владимирский житель, имевший небольшой дачный домик в Судогодском районе, Варламов Лев, вместе с игуменом Сильвестром Смердовым, настоятелем Свято-Троицкого храма села Заястребье, ставят второй поклонный крест на месте первой Прохоровой пустыни. Затем раб Божий Лев берет благословение и по епархиальному проекту в Гусевском районе изготавливается сруб для часовни в первой пустыни.
21 июля 2005 года у разрушающихся стен Спасо-Преображенского храма на месте второй Прохоровой пустыни у деревни Гладышево устанавливается большой дубовый крест. Но стены древнего храма к этому времени уже безвозвратно сгнили. Владимирский Госцентр по охране памятников культуры списал храм со своего баланса. Тем временем летом 2006 года на месте первой пустыни был поставлен сруб часовни.
В 2009 году архиепископом Владимирским Евлогием в деревне Гладышево, погост Спас-Сарники — Вторая Прохорова пустынь, были освящены кресты для маковок нового храма. С помощью Олега Кучерика установлено отопление. Владимирские иконописцы пишут иконы для иконостаса. Готово паникадило.
В 2010 году владыка Евлогий, посетив храм, благословил подготовить два престола: один в память Преображения Господня и второй — в честь святых преподобных Прохора и Вассиана Ястребских.
30 октября 2011 года был освящен один из престолов храма — в честь преподобных Прохора и Вассиана Ястребских. 8 декабря того же года состоялось полное освящение храма архиерейским чином с освящением главного Спасо-Преображенского придела. Настоятелем храма был назначен его строитель, уже к этому времени священник Лев Харламов.
