По рассказу Николая Мотовилова, который он услышал от самого батюшки Серафима, Преподобный, выйдя из затвора 25 ноября 1825 года, направился на Дальнюю пустынку. Вблизи Богословского источника ему явилась Богоматерь с апостолами Петром и Иоанном Богословом. Божия Матерь ударила жезлом в землю «так, что искипел из земли источник фонтаном светлой воды». На этом месте прп. Серафим выкопал колодец. По его молитвам Божия Матерь обещала дать целебную силу водам этого источника.
Эта беседа произошла «на пажнинке» батюшки Серафима на Ближней пустынке в конце ноября 1831 года, вскоре после того, как он исцелил Мотовилова. Преподав наставления, Преподобный дал возможность Мотовилову чувственно видеть, обонять и осязать благодатные действия Cвятого Духа, ослепительный свет, тепло «как в бане», неземное благоухание, невыразимые словами тишину и мир в душе, необыкновенную сладость и радость в сердце… «И приклонив ко мне свою голову, он тихонько, на ухо сказал мне, Благодарите же Господа Бога за неизреченную к вам милость Его. Вы видели, что я и не перекрестился даже, а только в сердце моем мысленно помолился Господу Богу и внутри себя сказал, «Господи, удостой его ясно и телесными глазами видеть то Сошествие Духа Твоего, которым Ты удостаиваешь рабов Своих, когда благоволишь являться во свете великолепной славы Твоей!» И вот, батюшка, Господь и исполнил мгновенно смиренную просьбу убогого Серафима.». В конце беседы батюшка Серафим обещал своему «служке» Мотовилову,» Господь поможет вам навсегда удержать это в памяти вашей тeм болeе, что и не для вас одних дано вам разумeть это, а через вас для цeлаго мира.».
На краю горы для подвижника поставили небольшой сруб без окон и дверей. Пробраться в него можно было, пролезая под стеной. Форма нынешнего храма напоминает об этом первом строении на Ближней пустынке. К источнику прп. Серафима на Ближней пустынке стекалось множество паломников, происходили чудесные исцеления. Здесь побывала царская семья в дни торжеств 1903 года. А через год после этих событий у государыни Александры Федоровны родился долгожданный наследник. В 1903 году над источником была построена часовня и купальня. В советское время все это было разрушено, источник забетонирован. Речку Саровку запрудили, образовался пруд «Боровое».
«В 1991 году члены исторического объединения «Саровская пустынь» начали поиски этого святого места… В результате проведенных поисков и раскопок место часовни над источником и купальни было найдено. Само здание не сохранилось, но фундаменты и нижние помещения, где происходило купание, оказались целыми. В эти четыре помещения вели ступени, выложенные метлахской плиткой, пол выстлан кафелем с очень красивым цветным орнаментом…».
«Потом на Ближней пустынке был установлен памятный камень и поклонный крест, в 2003 году там поставили часовню, которую впоследствии разобрали. А в 2006 году, перед празднованием 300-летия Саровского Свято-Успенского монастыря, на Ближней пустынке снова началось строительство, но уже храма. Храм был поставлен в точности на историческом месте, к нему только были пристроены алтарь и вход. Засыпанная купальня находится ближе к пруду, теперь вся эта территория передана церкви и огорожена… Храм Святого Духа посетил Святейший Патриарх Алексий II во время празднования 300-летия возрожденной Саровской пустыни в июле 2006 года. А 27 августа Архиепископ Георгий освятил этот храм…».
В храме на Ближней пустынке находятся иконы, написанные в иконописной мастерской Павла Бусалаева на средства Фонда Серафима Саровского. При освящении храма в 2006 году в него была передана первая икона преподобного Серафима с житийными клеймами, из них 5 новых, ранее не изображавшихся. Через год привезли парную ей икону прп. Сергия Радонежского с клеймами, из них два новые. 29 июня 2010 года Архиепископ Георгий освятил еще пять икон для храма Святого Духа, «Господь Вседержитель», «Моление о чаше», «Явление Святого Духа по молитве прп. Серафима Саровского», явление Богородицы прп. Серафиму Саровскому и на другой иконе преподобному Cергию Радонежскому.
