Каменная церковь во имя Архистратига Божьего Михаила «зачата строением 13 июля 1657 года, а совершена 28 июня 1658 года». Церковь эта, как и первая, сооружена тщанием и трудами митрополита Ионы и вспоможением Темкина–Ростовского. Она имела трапезу и печи для отопления, глава обита была железом немецким; крест на главе железный, опаян оловом; крыша храма и трапезы крыта была тесом, «в зубцу». 13 окон, обшитых войлоком, затворялись ставнями; полы в алтаре, церкви и трапезе устланы семью большими войлоками; с северной стороны, между алтарем и трапезою, устроена палатка в три окна; под церковью находились хлебная и братская столовая и три палатки запасных. От трапезы вели глухие переходы на «колокольницу», где находились семь колоколов. Из них один «строения и покупки архимандрита Ионы, что ныне Божиею милостию митрополит»; другой — большой благовестник, в 33 пуда, по надписи дар Анны Ивановны Карповой, 19 сентября 1650 года, третий имел следующую надпись: «променен колокол на старый колокол, что данье княгини Марьи Захарьевны Лобановых, а в придачу дал блаженный памяти Варлам митрополит 20 р.; четвертый – дар Карповой, да четыре колокола меньших, «а чье данье — Бог весть».
Через 105 лет, во время учреждения монастырских штатов 1764 года, в монастыре находились следующие строения: «Церковь во имя Благовещения Пресвятой Богородицы, которую с трех сторон окружала каменная паперть; в другой линии — церковь архангела Гавриила, при ней кельи настоятельская и братская; при них сени и две палатки для поклажи монастырских рухлядный вещей; под тою линиею жилых покоев не имелось; при том верхнем апартаменте часобитная одна; все то строение каменное ж; третья теплая церковь архангела Михаила; под нею приборная и хлебня; да еще меж оною теплою и первою настоящею Благовещенскою церквами колокольня каменная ж, круглая; кельи, поглику оный монастырь был приписной к дому архиерейскому, для приезду архиерейского и монашествующих; другие немногие, от них отступя, братские, деревянные, вкруг оного монастыря половина обнесена оградою каменною, а другая имеется деревянная». Таким образом в продолжение 105 лет в устройстве монастыря многое изменилось. Деревянных церквей Воскресенской и Никольской совсем не стало, а Георгиевская, древнейшая из монастырских церквей, в 1752 году переименована в честь Архангела Гавриила, а впоследствии в честь Казанской Божией Матери. В настоящее время все постройки монастыря каменные, не исключая и ограды. Церквей в нем тоже три: Благовещенская, главная или соборная, Михаило-архангельская и Казанская: в архитектурном отношении все они служат прекрасным памятником XVII века, но внутренние украшения их большею частью позднейшего происхождения.
Церковь в честь Собора Архистратига Михаила, на палатках, пятиглавая. Каменною алтарною преградою и двумя поперечными арками делится на алтарь, среднюю часть и трапезу; своды трапезы поддерживаются одним столбом, находящимся посредине. Иконостас в церкви новый, столярной работы с резьбою, колоннами и фронтонами, покрыт золотом, царские ворота без сени и столбов резные, позлащенные. Стены храма по местам покрыты живописью в 1831 году, как значится в записи на северной стене трапезы.
