По данным на 1859 год, в Убинском было 146 дворов, в которых проживал 691 человек, к тому времени в селе были построены церковь и часовня. В 1896 году построена станция на Транссибирской магистрали.
Из «Справочной книги по Томской епархии за 1910-1911 годы» стало известно, что в селе Убинском была однопрестольная деревянная церковь во имя Святителя и Чудотворца Николая, построенная в 1869 году, при епископе Томском и Семипалатинском Платоне Троепольском, земли при ней пахотной и сенокосной 99 десятин, расстоянием от Томска в 432 верстах. В состав прихода входило село Убинское Каинского уезда, деревня Еланская в 17 в. и деревни переселенческих поселений в расстоянии от 12 до 30 верст. Прихожан обоего пола 2261 души. Причта по штату: один священник и один псаломщик. Содержание причта: при готовых причтовых домах; жалованье из казны 180 рублей и доходы от треб.
В селе Убинском имелось училище гражданского ведомства. При церкви имелась библиотека. Церковно-приходское попечительство существовало с 1893 года. В 1909 году в церкви священником служил Копьев Николай Николаевич, псаломщиком – Богоявленский Михаил Федотович.
27 июня 1995 года в село Убинское приезжал Николай Константинович Забалуев, 1962 года рождения, который засвидетельствовал, что его прадед по линии матери Архангельский Василий Карпович служил священником в Никольской церкви села Убинское вплоть до 15 августа 1909 года, там же крестил сына своего Архангельского Александра Васильевича, деда Забалуева Н.К., о чем имеется запись в архивных церковных книгах за 1900 год, регистрационный номер 76.
В грозные годы лихолетья Никольская церковь была разрушена.
13 июля 1993 года прошло Приходское собрание под председательством протоиерея Сергия Государкина, благочинного Северо-Западного округа, на нем был избран Приходской совет и определено название Прихода во имя преподобного Сергия Радонежского. После сбора подписей, согласования с местной властью обратились за благословением на открытие храма к правящему архиерею епископу Новосибирскому и Барнаульскому Тихону. Владыка Тихон дал свое архипастырское благословение на образование Прихода и его регистрацию в органах юстиции.
Убинским сельсоветом Приходу было передано здание по улице Ленина 2, занимаемое до этого времени «Киносетью». 6 апреля 1996 года епископ Новосибирский и Бердский Сергий освятил антиминс для Прихода во имя преподобного Сергия Радонежского в селе Убинском. 27 октября 1999 года состоялась регистрация Прихода в органах юстиции.
Современная небольшая кирпичная церковь простой архитектуры с шатровой звонницей сооружена в 1990-х годах.
