Первая церковь в слободе Усть-Суерской была построена в первой половине 1690-х годов. Престол в ней был устроен, видимо, один – во имя Святителя Николая Чудотворца. Здание храма было деревянным и существовало около 30 лет, после чего было истреблено пожаром.
В 1733 году в слободе была построена новая деревянная церковь. Как и первый, храм этот, очевидно, имел один престол — во имя Святителя Николая. Церковь находилась около реки Тобол, на том месте, где позже возникла д. Климова. В 1761 году по причине вреда, причиняемого этому месту весенним разлитием вод, с разрешения Высокопреосвященнейшего Павла, митрополита Тобольского и Сибирского, она была перенесена на другое, более высокое место, на которое была переведена и сама слобода.
По описанию 1770 года, Николаевская церковь была обнесена деревянной крепостью, что не помешало, однако, занявшим слободу в 1774 году пугачевцам ограбить ее и истребить хранящиеся в церковном архиве документы. В последующие годы храм, очевидно, ветшал, поэтому на смену ему к концу XVIII века был построен новый, каменный. Судьба же старого здания осталась неизвестной.
Благословенная грамота на заложение в Усть-Суерской слободе каменной церкви была дана 26 мая 1780 года за подписью Высокопреосвященнейшего Варлаама, епископа Тобольского и Сибирского. Возводилась церковь частью на средства прихожан, а более пожертвованиями частных благотворителей. Окончательно строительные работы были завершены в 1804 году. Престолов в ней было устроено два. Нижний теплый храм во имя Святителя и Чудотворца Николая, архиепископа Мир Ликийских, был освящен ранее – еще в 1800 году, а верхний холодный во Преподобного Савватия Соловецкого — в 1805 году. Церковь представляла собой каменное двухэтажное здание в одной связи с двухъярусной колокольней. Храм был увенчан пятью главами, и по одной главе имелось на алтаре и колокольне. Купола и главы на церкви и алтаре были покрыты по дереву железом и выкрашены зеленой краской.
В 1841-1842 годах с разрешения Высокопреосвященнейшего Афанасия, архиепископа Тобольского и Сибирского, прихожанами заведен был новый золоченый иконостас в нижнюю Николаевскую церковь, часть средств на который поступило из церковных сумм. По некоторым сведениям, работу эту исполнил тобольский мещанин Фульвиан Пленин. В 1905 году в верхнем приделе был произведен ремонт и установлен новый иконостас. 3 мая 1909 года верхний придел был заново освящен. Старый иконостас из этого придела решено было передать в строящийся храм д. Стенниковой.
В 1911 году после осмотра Усть-Суерского храма Тобольским епархиальным архитектором Кокоттом выяснилось, что он нуждается в капитальном ремонте. Разрешенные указом Тобольской духовной консистории от 9 ноября 1911 года работы были завершены к декабрю 1912 года. Среди прочего, была усовершенствована система вентиляции и дымоходов, для чего снаружи храма была устроена особая труба из печи нижнего этажа. Все крыши были перекрыты новым железом; все главы на храме устроены новые; на главах сооружены новые кресты, позолоченные вместе со старыми шарами червонным золотом. 5 августа 1919 года в верхнем этаже храма залетевшим снарядом были разбиты крыша, потолок и стены, поврежден иконостас и попорчена утварь, так что проводить здесь богослужения оказалось невозможным.
К 1935 году на колокольне имелись 6 колоколов, звон которых был запрещен постановлением президиума Белозерского райисполкома от 7 декабря 1934 года. По сведениям начала 1935 года, службы в Усть-Суерском храме уже не совершались ввиду предполагаемого его ремонта. К этому времени прихожане молились в церковной сторожке, а вскоре, предположительно в 1936 году, храм был официально закрыт постановлением Челябинского облисполкома.
К 1945 году здание бывшей церкви было исправным и использовалось под склад зерна. К 1954 году примыкавшее к колокольне западное каменное крыльцо и сторожка были уничтожены. Само здание в это время находилось в исправном состоянии: сохранились масляные росписи стен в первом этаже; в верхней церкви находится иконостас, а росписи были забелены, вероятно, во время проведения ремонта; пострадал лишь пол в нижнем храме и дощатый настил на втором этаже. Церковь продолжала использоваться под зерновой склад колхоза. В период с 1954 года по 1993 год храм использовался как зерновой склад, спортивный зал, сельский Дом культуры и снова склад.
В 2007 году начался ремонт Усть-Суерского храма на средства благотворителей. Была устроена новая железная крыша, проведен ремонт фасадов, а 2 октября 2009 года состоялось освящение и установка новых золоченых куполов и крестов. В настоящее время возрождение храма продолжается.
