В каком именно году сооружена была в Юнаковке первая церковь — неизвестно. В руках преосвященного Филарета были документы, удостоверяющие, что в 1709 году был уже храм в Юнаковке во имя Святителя Николая Чудотворца. По описи, составленной в 1785 году, видно, что церковь была большая, деревянная, однопрестольная, пятиглавая, с пристройками с восточной, южной, северной и западной стороны, придававшими ей крестообразную форму. Все пять глав на главном здании храма были взлащены. Колокольня деревянная стояла отдельно. На ней 6 колоколов, из коих больший весил 106 пудов. От старой церкви до сих пор сохранилось два киота и, как редкий остаток старины, — оловянная чаша.
Первая юнаковская церковь существовала до 1793 года. В этом году по прошению разрешено было деревянную церковь за ветхостью снять и заложить на том месте новую каменную с тремя престолами: во имя Св.Чудотворца Николая, Архистратига Михаила и в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Престол Рождества Богородицы средний и главный, а потому и самая церковь с той поры начинает именоваться «Рождество-Богородицкая». Этот огромный величественный храм строился единственно благотворениями прихожан, без всякой сторонней помощи 13 лет и окончен в 1806 году.
В 1823 году была снята старая колокольня и сооружена нынешняя попечением священника Корнилия Краснокутского, пожертвовавшего на это собственных 10 тыс. рублей. Окончательно отделана колокольня была только в 1827 году старанием священника Василия Максимовича Никольского. На колокольне был большой колокол весом 206 пудов, на нем надпись: «Колокол сей сделан старанием и попечением благочинного протоиерея В. Никольского в 1857 году».
В 1874 году в нижнем подвальном этаже храма устроена теплая во имя Трех Святителей церковь. Упоминаемый выше В. М. Никольский служил при юнаковской церкви с 1826 года по 1882 год, т.е. 57 лет. Это был выдающийся священник, оставивший в приходе добрую память. До глубокой старости он был неутомимым пастырем. В Юнаковской Рождество-Богородицкой церкви с давних, незапамятных времен существует чудотворная икона Святителя Николая древней и весьма благолепной живописи. Мерою икона эта в вышину один аршин семь вершков, в ширину четырнадцать вершков. На иконе дорогая серебро-позлащенная риза, украшенная драгоценными камнями и эмалью. Это дар усердия нынешних владельцев юнаковского имения Н. И. и М. М. Лещинских.
С какого времени существует эта икона — за давностью достоверно неизвестно. Но в Юнаковке и в смежном с нею селе Локня крепко держится предание, что икона Св. Николая явилась здесь в то время, когда ещё не было в Юнаковке церкви, и потому икона была временно поставлена в Локнянской церкви, уже тогда существовавшей. Вслед за тем, на южной окраине Юнаковки сооружена была больших размеров деревянная часовня, и образ Св. Николая перенесен был из Локни в эту часовню. Когда же сооружена была в Юнаковке первая церковь, то образ Св. Николая был поставлен в этой церкви навсегда. В памятной тетради, хранящейся в церкви, записаны были многие знамения милости и правосудия Божия, совершившиеся перед этою иконою. Вот некоторые из них. В 1770 году три купца из Курска ехали в Сумы. Близ Юнаковки верстах в трех на них напали разбойники. Купцы хотели спастись бегством и побежали в тростник, окружавший упомянутую выше часовню, но были преследуемы разбойниками. Зная об иконе Св. Николая, купцы остановились напротив часовни и стали призывать на помощь Св. Николая. Скорый помощник Св. Николай явил чудо: ослепил разбойников, и они, среди бела дня и находясь уже около купцов, не могли их видеть и удалились.
В Юнаковке, в той же Рождество-Богородицкой церкви находится чтимая икона Ахтырской Божией Матери. На ней серебряная, позлащенная риза с эмалевыми украшениями. На ризе есть такая надпись: «Риза сия сооружена в память избавления от засухи молитвами Богоматери, усердием священнослужителей и прихожан 1892 года». Весна 1892 года была сухая. Постоянные южные знойные ветры совершенно засушили почву, посевы пришли в безнадежное состояние, а народ впал в уныние. Одна набожная женщина, известная в приходе своею праведною жизнью, заявила, что во сне видела себя в церкви и слышала голос, исходящий от Ахтырской Божией Матери, гласящий: «Вот вы не обратились с молитвою о дожде ко мне, забыли, что я ходатаица ваша перед Богом». Голос продолжал, что дождь пойдет, когда будет совершено особое моление перед образом. 10 числа на утрене, по 6-й песне канона, с особою торжественностью был совершен акафист перед образом Богоматери. Когда настало время возгласить последний кондак «О, всепетая Мати» — в церковную крышу вдруг застучали частые капли дождя. Это было так неожиданно, что некоторые богомольцы вышли из церкви в ограду удостовериться, точно ли это дождь. Действительно, шел тихий прекрасный дождь без ветра и грозы. Он продолжался три дня кряду. И был первый дождь в ту весну и до того благотворный, что посевы оживились, воскресли и надежды народа на урожай.
На протяжении нескольких лет храм Рождества Богородицы в Юнаковке удерживался Киевским патриархатом. И только после ряда судебных заседаний церковь в 2010 году была передана Сумской епархии Украинской Православной Церкви. Освящение храма состоялось 3 июня 2010 года епископом Сумским и Ахтырским Евлогием. На данный идёт реставрация и восстановление храма.
