Церковь построена в 1794 году. До закрытия храма, середина 1950-х годов, приход насчитывал 9 населенных пунктов, это: село Пречистое, деревни Покров, Заозерье, Яковково, Буково, Старово, Кильгино, Любильцево, Итларь. В связи с изменениями границ Ростовского района к числу приходских селений можно отнести еще 2 деревни, прежде находившиеся в составе Переславского района: деревни Остеево и Конюково. В черте села Пречистого в 100 метрах от храма находится старое кладбище. По местному преданию, о котором упоминает и А.А.Титов в книге «Ростовский уезд Ярославской губернии» на этом месте в разное время стояли две деревянные церкви, погибшие в огне. Третья же деревянная церковь, разобранная в 1794 году стояла, якобы уже на месте ныне стоящего каменного храма. Второе кладбище – новое, находится в 500 метрах от церкви.
В 1962 году в селе Пречистом киностудией имени Горького снималась атеистическая комедия «Конец света», с этого времени началось разграбление и разрушение храма.
На живописном берегу реки Нерли медленно разрушался храм конца XVIII века. Неравнодушными людьми этот процесс был приостановлен, а в октябре 2011 года Митрополитом Ярославским и Ростовским Пантелеимоном в храм назначен настоятель. Впереди много трудов – и регистрация общины, и оборудование хотя бы части храма для Богослужений, многочисленные строительные работы и возрождение приходской жизни.
