В окладных книгах Рязанской епархии за 1676 год в селе Клин показана церковь также в честь Рождества Пресвятой Богородицы. У той церкви дворы: попа Иакова и Павла, пономарей и просвирни. Да в приходе: 5 дворов помещичьих, в одном живет дворник. Да 63 дворов крестьянских и один — бобыльский. Приселок Курмыш – в нем 24 двора крестьянских и 2 бобыльских. Деревня Онферова, в ней — двор приказчиков, 18 дворов крестьянских и 4 бобыльских. Деревня Фофанова, в ней — 13 дворов крестьянских. Земли церковной из боярских дач по 10 четвертей, в поле сенных покосов на 20 копен.
Из этой отметки не видно, какой была церковь, деревянной или каменной. В церковном архиве не сохранилось сведений о времени построения каменного храма. Есть грамота, данная в 1812 году епископом Владимирским Ксенофонтом на освящение Богородицы-Рождественской церкви. Но из этой грамоты не видно, была ли устроена церковь вновь или только капитально переделана. Местное предание говорит, что в это время была произведена только внутренняя переделка храма и построена вновь каменная колокольня. Справедливость этого предания подтверждается тем, что в Ионно-Богословском приделе, который составляет позднейшую пристройку к церкви, антиминс священнодействовал в 1800 году. Таким образом, с достаточною вероятностью можно думать, что каменная церковь в селе Клин построена в XVIII веке. В 1815 году в этой церкви устроен придел в честь Божией Матери Всех Скорбящих Радости.
В 1864 году в стенах храма обнаружились трещины, поэтому они были капитально отремонтированы и обиты железом. Колокольня при храме еще крепкая, но несколько наклонная. Престолов в храме три: главный — в честь Рождества Пресвятой Богородицы, в приделе холодном — в честь Евангелиста Иоанна Богослова, в приделе теплом — во имя Богоматери Всех Скорбящих Радости.
Утварью, ризницей, св. иконами и богослужебными книгами церковь снабжена достаточно. Из предметов древности в церкви сохранилось напрестольное Евангелие печати 1681 года, обложенное бархатом, верхняя доска обложена серебром и позолочена; по листам подпись: «Сие св. Евангелие приложил Стефан Григорьев сын Чиркова по сестре своей Вассе и по Федоре и по Симеоне, а построено из ея пожитков в Муромский уезд в старинную нашу вотчину в село Клин к церкви Рождества Пресвятой Богородицы лета 1687 года».
В конце 30-х годов прошлого века церковь была закрыта. А в XXI веке с помощью благотворителей проводится капитальный ремонт здания церкви во имя Рождества Пресвятой Богородицы.
