Выдающийся памятник архитектуры «мазепинского» барокко конца XVII века Сооружена на месте первой деревянной церкви «Ветхого» Печерского монастыря на Дальних пещерах.
По Патерику и «Повести временных лет», первую наземную деревянную церковь, посвященную Успению Богородицы, соорудил в «Ветхом» монастыре первый печерский игумен Варлаам перед 1062 годом. После постройки Успенского собора этот храм стал играть роль кладбищенского — в нем отпевали умерших монахов. О более поздних перестройках этого храма ничего неизвестно до первой половины XVII века. На то время он уже был посвящен Рождеству Богородицы.
По Афанасию Кальнофойскому, деревянная церковь на месте предыдущих сооружена в 1635 году. На плане 1638 года церковь изображена трехкупольной, окруженной опасаньем. Рисунок Абрагама ван Вестерфельда изображает церковь крестообразной, с пятью куполами. Такой же мы ее видим и на плане Ушакова 1695 года.
Каменная церковь построена в 1696 году на средства киевского полковника Константина Мокиевского при архимандрите Мелетии Вуяхевиче. К сожалению, неизвестно имя мастера, который ее возводил. Церковь Рождества Богородицы уникальна по композиции и является настоящим шедевром украинской архитектуры XVII века. Храм с самого начала был семикупольным — к трехчастному трехкупольному объему примыкали четыре угловые пристройки в виде часовен, завершенных куполами, распространенное в литературе мнение, что упомянутые пристройки появились в 1767 году, является ошибочным: церковь изображена семиглавой на гравюре Леонтия Тарасевича 1701 года. Уже в начале XVIII веке интерьер был украшен стенописью.
В северно-западной пристройке сохранилась надпись о капитальной реставрации, законченной в сентябре 1752 года, во время которой крыша была покрыта белым железом, а купола позолочены. Тогда же обновлен иконостас и настенная роспись. Следующий ремонт осуществлен в 1767 году. Новый иконостас в стиле рококо сооружен в 1784 году. Он имел чеканные серебряные царские врата работы мастера Григория Чижевского, которые сейчас хранятся в Лос-Анджелесском музее искусств. В 1817 году стены церкви были заново расписаны киевским художником Иваном Квятковским в стиле академизма. Эта роспись также не сохранилась.
В 1894 году по проекту Владимира Николаева в углублениях между угловыми часовнями были сооружены притворы. Во время реставрации 1968—1970 годов они разобраны. В конце 1980-х годов церковь полностью заново расписана в «древнерусском» стиле. Ныне церковь Рождества Богородицы является храмом Киевской духовной академии и семинарии.
Церковь стоит на небольшом холме, северный склон которого в 1769—1771 годах укреплен подпорной стеной с открытой аркадой, имеющей красивые очертания. Возводил это сооружение строитель Степан Ковнир. Вокруг церкви расположено кладбище XIX века. Бастион Печерской крепости, охватывавший территорию Дальних пещер, по имени церкви назван Рождественским.
На Рождественском кладбище погребены духовные и светские лица, имевшие значительные заслуги перед Церковью и государством: архимандриты Лавры Амвросий и Антоний, известный старец иеросхимонах Вассиан Слепой, настоятельница Арзамасской общины Олимпиада, ныне ее мощи покоятся в Свято-Введенском храме, иконописец Феодосий, дочь писателя С.Т. Аксакова София, генерал-майор Платон Голубцов с супругой — начальницей Киевского института благородных девиц Екатериной Голубцовой, сенатор В. Ильяшенко, герои и участники Отечественной войны 1812 года генерал от инфантерии Паисий Кайсаров и генерал-адъютант Афанасий Красовский, и многие другие. Здесь покоится прах известного полководца генерал-фельдмаршала Фабиана фон дер Остен-Сакена. В 1815 году он был военным комендантом захваченного русскими Парижа. С 1831 года — губернатор Киевский, Подольский и Волынский. Дружил с митрополитом Евгением Болховитиновым. Большинство погребений на этом кладбище относится к XIX веку.
