Указом Святейшего Синода от 21 мая 1837 года, «с благословения Преосвященнейшего Нила, епископа Вятского и Слободского и кавалера тщанием прихожан» был открыт в 1838 году.
Каменная Рождество-Богородицкая церковь была заложена 8 сентября 1875 года. В клировой ведомости указано, что Рождество-Богородицкая церковь в селе Хлебниково построена «тщанием прихожан при пособии владельца стекольного завода казанского купца Прохора Георгиевича Ульянова» в 1882 году. Здание «каменное с таковою же колокольнею в одной связи». Крыша железная. Главный придел освятили в честь Рождества Пресвятой Богородицы, правый придел – в честь Святого Пророка Илии, левый придел — в честь святого великомученика Георгия Победоносца.
В советское время духовенство и прихожане Хлебниковского храма не уклонялись в обновленчество, с 1926 года входили в состав Краснококшайского православного управления староцерковников, а в 1930-е годы — в Марийское викариатство Нижегородской епархии. Церковь в селе Хлебниково была закрыта 21 апреля 1939 года, в здании в дальнейшем располагались МТС, кузница, Дом культуры. В советские времена были разрушены ее верхние объемы: купол и колокольня.
Приходская жизнь в селе возобновилась в 2001 году, с июля того же года службы совершались в молельном доме. В 2007 году здание храма возвратили верующим, с апреля 2007 года в нем начались богослужения.
Храм Рождества Пресвятой Богородицы является архитектурным памятником в соответствии с решением Министерства Культуры Республики Марий Эл.
С 2013 года и по настоящее время идет восстановление храма: оборудована и действует большая трапезная, капитально отремонтирован придел Георгия Победоносца, работает церковная лавка, приобретены колокола и строится заново колокольня. В приделе Рождества Пресвятой Богородицы, по благословению священника Сергия Кожевникова, вместо кочегарки был заново отстроен алтарь. Приобретены три престола, три жертвенника, облачения на них и облачение для священника, церковная утварь, иконы.
На приходе имеется освященный источник во имя Казанской иконы Божией Матери в д. Ивская Вершина. Дважды в год совершается крестный.
На территории храма находится захоронение одного из первых летчиков России – Кокорина Николая Кирилловича, погибшего в 1917 году; установлен памятник жителям Хлебниковского поселения, погибшим в Великую Отечественную войну.
С селом Хлебниково связано имя Увицкого Сергея Александровича – деятель Русской Православной Церкви, священномученик, протоиерей, кандидат богословия, священник. Жертва сталинских репрессий. В 2006 году отец Сергий был прославлен в лике святых как священномученик в Соборе новомучеников и исповедников Российских.
