Церковь Рождества Иоанна Предтечи относится к числу лучших построек строгановского направления стиля московского барокко. Увенчанная пятиглавием и украшенная резным декором, выделяющимся на фоне красных стен, она служит оформлением главного входа в монастырь, чем и определяется ее роль в архитектурном ансамбле монастыря.
В XIX веке клеевую настенную живопись в интерьере храма заменили масляной с преобладанием сюжетов из жития святого Иоанна Предтечи, фасады окрасили в красно-кирпичный цвет с дополнительным выделением белокаменного декора побелкой. В 1872 году в церкви был установлен новый иконостас, утраченный после закрытия Лавры в 1919 году. После возобновления монашеского общежития в 1946 году в церкви был установлен новый золоченый резной иконостас первой трети XIX веке в стиле ампир.
Значительный объем реставрационных работ по надвратному храму проводился в 1974-1978 годах. При этом были восстановлены четыре боковые главы, разобранные ещё в 1806 году, обновлены иконостас и настенная живопись в интерьере, живопись в арке ворот.
В 2006-2010 годах надвратная церковь снова реставрировали. Работы начались с историко-архивных и натурных изысканий, с расчистки фасадов храма от более поздних покрасок и с исследования системы раскраски по типу бриллиантового руста стен и растительного орнамента белокаменных элементов колонн и пилястр. Полученные результаты позволили провести предварительные работы по восстановлению первоначальной системы покраски фасадов и приступить к восстановлению повреждений белокаменного декора.
В 2008 году были отремонтированы каркасы и покрытия глав церкви, возобновлена позолота глав и крестов. В 2009-2010 годах продолжились ремонтно-реставрационные работы по фасадам церкви, восстановлена их первоначальная полихромная раскраска в бриллиантовый руст, возобновлена роспись колонн в виде виноградной лозы и полихромная раскраска профилированных карнизов и других деталей церкви.
В 2013-2015 годах выполнены работы по реставрации настенной живописи, изразцов печи, икон, иконостаса, замене оконных заполнений галереи, реставрации гранитных ступеней площадок, стропильной системы кровли и четверика.
