Первая церковь в селе Пектубаево Яранского уезда Вятской губернии, деревянная и однопрестольная, была построена в 1734 году и освящена в честь Рождества Христова. Каменный храм выстроен в селе в 1820 году на средства прихожан по благословению епископа Вятского Авмросия Вышезерова. К 70-м годам XIX века в церкви были освящены престолы в честь Рождества Христова, 20 октября 1862 год, пророка Божия Илии, действовал с 1820-х годов, Покрова Пресвятой Богородицы, 9 октября 1863 года. В 1915 году к храму были приписаны часовни в честь Рождества Пресвятой Богородицы, Сошествия Святого Духа на апостолов, святителя Николая Чудотворца, святых мучеников Флора и Лавра и великомученика Георгия Победоносца и святых равноапостольных Константина и Елены. Штат церкви состоял из 3 священников, диакона и 3 псаломщиков. На территории прихода располагались церковно-приходская школа в селе Пектубаево, школа Министерства просвещения в починке Кугланур, а также 7 земских школ в окрестных деревнях.
В советское время духовенство и верующие храма не уклонялись в обновленчество, в 1930-е годы входили в состав Марийского викариатства Нижегородской епархии. Ревностно оберегал свою паству от заблуждений протоиерей Николай Титович Игнатьев, прослуживший в Пектубаево более 40 лет. Батюшка был арестован 26 апреля 1938 года, ложно обвинялся в участии в контрреволюционной организации, антиколхозной агитации, распространении слухов о скорой гибели советской власти. 25 сентября 1938 года на заседании тройки НКВД по МАССР протоиерей Николай был приговорен к расстрелу, приговор привели в исполнение 27 сентября в 20 часов вечера.
Другим исповедником Православной веры, служившим в Пектубаево, стал диакон Михаил Николаевич Фаворский, рукоположенный к данному приходу в 1922 году. Отец Михаил активно защищал приход, убеждая верующих в 1935 году протестовать против снятия колоколов, в 1936 году — против закрытия храма. 31 октября 1938 года диакон Михаил был арестован и помещен в Йошкар-Олинскую тюрьму. На 7 допросах и 4 очных ставках он отверг многочисленные ложные обвинения, воздвигнутые против него. Тем не менее, 26 января 1939 года на заседании Судебной коллегии по уголовным делам Верховного суда МАССР года диакон Михаил Фаворский был приговорен к 10 годам заключения, дальнейшая его судьба в настоящее время не известна.
Пектубаевская церковь была закрыта 13 сентября 1936 года и передана под клуб, позже здесь размещались сельский ДК и библиотека. Приход в селе Пектубаево был открыт вновь в 2004 году, в том же году здесь было совершено первое богослужение. В 2008 году здание храма было полностью возвращено верующим и с тех пор ремонтируется и приводится в порядок. Главное — четыре года назад была полностью перекрыта кровля.
