Когда была построена первоначальная церковь точно не известно, но в 1422 году храм уже существовал, так как монастырь был основан уже при существующей церкви. Согласно Писцовой книге 1676 – 1683 годов в 1679 году обе деревянные Преображенские церкви и колокольня с 10 колоколами сгорели, на их месте была построена одна деревянная церковь. Лишь в 1689 году начато строительство каменной холодной церкви во имя Преображения Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, а так же колокольни. Каменный пятиглавый Спасо-Преображенский храм был построен в 1696 году, освящен преосвященным Александром, архиепископом Великоустюжским и Тотемским 6 августа 1697 года.
По своей архитектуре напоминает Архангельский собор Михайло-Архангельского монастыря, вплоть до того, что встроенная колокольня находится на северо-западном углу. Отличие лишь в более скромных размерах, да еще во внешнем убранстве Спасо – Преображенского храма использовано большое количество изразцов местного производства. Сени и своды в алтаре Спасо — Преображенского собора были украшены в 1756 году живописными изображениями. По западной стене церкви под сводами построены деревянные хоры, которые в старину составляли принадлежность соборных церквей. Под хорами в двух клеймах написано, в первом «В лето от Рождества Христова 1422 года учрежден был при сем приходе девич монастырь, который, под управлением разных игумений, и существовал 342 лета, по учреждении же штатов в 1764 году декабря 31 дня переведен при игуменье Mapиaм в Ивановский монастырь на гору, а сей оставлен приходскою церковью», во втором «В лето от Рождества Христова 1789 года Июня в 25 день, при державе благочестивейших государей царей и князей Иоанна Алексеевича и Петра Алексеевича всея России самодержцев, основана сия церковь в девичье монастырь, во имя Преображения Господа нашего Иисуса Христа, при игуменье Анисии, преосвященным Александром архиепископом Великоустюжским и Тотемским с крестным ходом из собора, а совершена и освящена 1697 года августа в 6 день преосвященным Иосифом, архиепископом Великоустюжским и Тотемским».
Предалтарный иконостас весь резной золоченый. Возведен он в 1697 году, через год после завершения строительства храма, по заказу того же архиепископа Александра. Иконостас поражает пышностью своего орнаментального убранства, сложными очертаниями профилированных арок, сильным выносом колонок с капителями. Особенно великолепны окутанные листьями и гроздями винограда колонки-столбики, декорированные внизу различными розетками и завитками. Как и многие другие иконостасы церквей Великого Устюга, это сооружение имеет ясно выраженные горизонтали и вертикали с подчеркнутой царскими вратами центральной осью и ступенчатым расположением икон и арок обрамлений над ними. Завершает сооружение изображение распятого Христа. Среди икон отличается древностью и богатством украшения образ Преображения Господня. Нельзя утвердительно сказать, чтобы этот образ был тот самый, из которого в 1493 году текло миро, но он действительно древний, поновлен в конце XVII столетия при построении храма. Остальные иконы принадлежат к первой половине XVIII столетия. Наряду с традиционными в иконостас были введены произведения с живописными многофигурными композициями, прообразом для которых послужили гравюры Библии Пискатора. Ордерные формы архитектуры иконостаса, иконы с объемными перспективными изображениями — все это указывает на новаторский замысел как заказчика, так и исполнителей этого памятника.
