Церковь во имя Покрова Божией Матери каменная, теплая, двухэтажная, она находится в ограде с восточной стороны монастыря, среди каменнаго корпуса. Построена и освящена в 1832 году иждивением княжны Хованской, в схиме Параскевы. С западной стороны храм выдается небольшим полукружием, покрыт на два ската железом, с небольшим посредине куполом и главою с железным крестом. Вход во храм с северной стороны, который ведет сначала в паперть, устроенную полукружием и отделенную от храма капитальною стеною. Первоначально вход на второй этаж осуществлялся по наружной лестнице, внутренняя лестница устроена в 1886 году. В потолке храма, посредине, большой квадратный просвет в верхний этаж, обнесенный перилами.
Иконостас здесь двухъярусный четырехугольный с прямыми линиями. По правую сторону царских врат помещается образ Нерукотвореннаго Спаса, в серебряной ризе за стеклом, образ этот почитается чудотворным и его выносят в крестный ход по особо важным или каким-либо несчастным случаям. При нем в небольшом серебряном ковчежце хранится часть ризы Господней. Образ сей принадлежал схимонахине Параскеве Хованской. По левую сторону царских врат икона Покрова Божией Матери, также в серебряной ризе. Кроме упомянутых икон, имеется здесь еще местночтимая икона Всемилостиваго Спаса и св. велик. Пантелеймона, присланная с Афона. Приделы во имя Иоанна Предтечи и Архангела Михаила
В верхнем этаже Покровского храма имеются два придела во имя святых Иоанна Предтечи и Архангела Михаила. Оба эти придела устроены в 1851 году иждивением монахини Калерии Стриневской. Они находятся в одной линии и ничем между собою не разделяются. Вход сюда прежде был с наружной стороны, но в 1866 году заменен новым, который начинается из паперти Покровской церкви. Иконостас одноярусный прямолинейный, с позолоченою в приличных местах резьбою. Иконы писаны самими сестрами монастыря. При церкви устроены помещения, приспрсобленныя для престарелых и немощных сестер с больницею, почему и церковь называется больничною.
В советское время в церкви располагались палаты дома инвалидов, а некоторое время, контора совхоза. В 2003 году после реставрации она стала главной монастырской церковью.
Святыни обители, частицы мощей Киево-Печерских святых, святителя Феодосия Черниговского, препадобного Феодосия Тотемского и Александра Свирского, Евфросина Синоезерского.
