Каменная церковь в селе Марисола была заложена 7 сентября 1880 года и строилась на средства приходского попечительства, пожертвования верующих, благотворителей, одним из которых стал святой праведный Иоанн Кронштадтский. Строительство церкви с престолом в честь Покрова Пресвятой Богородицы было окончено в 1888 году, 6 ноября храм освятили по благословению епископа Вятского и Слободского Сергия Серафимова.
Построенный храм оказался весьма оригинальным. На его архитектурные достоинства обратили внимание в 80-90 годах XX века. Появилась точка зрения о том, что Покровская церковь построена по типовому проекту архитектора К. Тона, автора знаменитого храма Христа Спасителя в Москве. Однако, эта версия представляется мало убедительной. В храмах, построенных по проектам К. Тона, являвшегося одним из основоположников русско-византийского стиля в церковном зодчестве, гораздо больше древнерусских мотивов в декоративном убранстве, компоновке фасадов, чем в Покровской церкви.
На взгляд специалистов, к проекту храма мог иметь отношение Санкт-Петербургский архитектор, академик архитектуры А.М. Горностаев, удачно сочетавший в своем творчестве древнерусские и готические мотивы и ставший основоположником национального стиля в храмовом зодчестве середины и второй половины XIX века. Достаточно сравнить его постройки на острове Валаам — храм Всех Святых в Белом скиту, Преображенский Собор и Покровский храм – общего очень много. Это и граненые купола, стрельчатые окна, характер декоративного убранства. Все это делает Покровскую церковь оригинальным памятником архитектуры в марийском крае.
Росписи интерьера выполняли владимирские живописцы. В 1895 году архиепископ Вятский и Слободской на праздник Покрова Пресвятой Богородицы освятил церковь. К 1915 году к церкви были приписаны часовни, располагавшиеся в починке Ерши и на берегу реки Шаба.
На территории прихода находились школы Братства святителя Николая чудотворца в деревнях Большие Ключи и Онодур.
В советский период храм разделил участь других православных святынь. В 1935 году здание церкви опечатали, в 1936 году с колокольни сняли колокола, отправив их на переплавку, осенью 1937 года сломали верхние ярусы колокольни, а в дальнейшем разобрали всю. Храм использовался под склад зерна.
В 1990 году началось восстановление Покровской церкви, решением Сернурского райисполкома в Марисоле была зарегистрирована община верующих, в том же году состоялось первое богослужение. В настоящее время к церкви приписан храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы в селе Зашижимье.
