История возникновения Покровской церкви берет свое начало с «покорнейшего прошения», поданного иркутским мещанином Ермолаем Лычаговым в сентябре 1823 года на имя Иркутского Епископа Михаила с просьбой о разрешении перестройки собственного дома в церковь «с пристройкой к нему алтаря, паперти и колокольний во имя Покрова Пресвятыя Богородицы и приделом Святаго Мученика Ермолая собственным коштом».
План и фасад здания церкви был составлен городским архитектором В. Бронниковым, но с марта по сентябрь 1826 года произошли какие-то события, в результате которых меняются названия приделов и в сентябре 1826 года готовятся к освящению Сретенский и Покровский приделы. 1 октября 1826 года Кафедральным протоиереем Никифором Парняковым была освящена церковь во имя Сретения Господня и приделом Покрова Пресвятой Богородицы. На освящении присутствовал Епископ Михаил. Церковь была освящена, но оставалась без повседневного служения, что вызвало естественное недоумение проживающего здесь люда. С 26 марта 1827 года в священники был определен Андрей Шастин.
К апрелю 1828 года храм во имя Святого Священномученика Ермолая, что под колокольней Сретенской церкви, был «приведен к окончанию, благолепно украшен и к освящению состоял в готовности». Торжественное освящение придела Св. Ермолая состоялось 7 мая 1828 года кафедральным протоиереем Никифором Парняковым.
Первая Клировая ведомость храма за 1832 год отмечает в приходе 43 двора, в которых проживают 244 мужчины и 189 женщин, отмечает она и социальный состав прихожан – военных 105 мужчин, 59 женщин – члены их семей, 126 купцов, цеховых и мещан, 123 женщины – члены семей, казаков и солдат — 13, 17 женщин. В 1838 году впервые появляется имя старосты – иркутский мещанин Иван Алексеев, сын Лычагов, 66 лет. Это один из родственников Е. Лычагова, прямых потомков у него не было.
С 1840 года по 1843 год велось при церкви строительство каменной паперти, которая к сентябрю 1843 года была окончена.
Документы за период 1844-1846 годов отсутствуют, но по ведомости 1847 года известно, что для священнослужителей приобретен двухэтажный, деревянный дом с усадебной землей 25х12 саж., но за проживание в нем церковнослужители должны ежегодно вносить в церковь по 60 руб. ассигнациями. В этом же году скончался священник Владимир Никольский и не исключено, что он был похоронен в ограде церкви.
8 сентября 1847 года был переосвящен теплый храм во имя Покрова Пресвятыя Богородицы «по исправлении некоторой ветхости», как говорится в документе.
Клировая ведомость за 1857 год впервые говорит о возведенной деревянной паперти у верхней церкви, которая была оштукатурена и побелена.
8 января 1859 года на колокольню храма был поднят новый колокол весом 82 пуда, стоющий 1480 руб.серебром, пожертвованный прихожанином Хрисанфом Брянским. В этом же году в церкви заново были исправлены окна.
В 1871 году церковь обнесли деревянной оградой и ведомость 1872 года отмечает наличие при церкви 600 кв.саж. усадебной земли.
В 1875 году, наконец-то, был куплен деревянный дом со строениями и землей для священника. Это было пожертвование Иркутского 1-й гильдии купца Павла Андреевича Пономарёва. Священник теперь живет в казенной квартире, а псаломщик в собственном доме. Из завещания П.А. Пономарева: «две тысячи рублей передать в градоиркутскую Сретенскую церковь». Крупные пожертвования на ремонт храма внесли А.К. Брянских, Н.Н. Брянских, И.П. Баженов.
Кипучая деятельность, необыкновенное трудолюбие, а также скверный климат постепенно подтачивали крепкое от природы здоровье Павла Андреевича Пономарева, у него развилось сильное сердцебиение и головные боли. В последние годы жизни Павел Андреевич приезжал в Иркутск всегда в больном состоянии с тяжелой формой одышки, так что с трудом поднимался на лестницу. В 1883 году Павел Андреевич Пономарёв решил съездить на лечение в Крым, но было уже поздно: приехав с юга в Петербург, он окончательно слег и 8 декабря 1883 года скончался. Сестра Прасковья Андреевна, вызванная им в Петербург, уже не застала брата живым. Прах ею временно был помещён в склеп при церкви на Никольском кладбище Александро-Невской лавры в Петербурге, и только спустя семь лет, в 1890 году, по желанию и на средства сестры Прасковьи был перевезен на родину. Останки купца были погребены в ограде Покровской церкви у самого алтаря. Над могилой на средства сестры был воздвигнут красивый металлический памятник в виде небольшой часовни.
Прошло ровно десять лет со дня смерти иркутского купца и промышленника, владельца чайных плантаций и фабрик в Китае, когда в Иркутске и Иркутском округе одно за другим стали открываться начальные училища для мальчиков и девочек имени Павла Пономарева.
Следующий этап жизни храма начинается после 1917 года. После разорения Знаменского монастыря в Покровскую церковь переселяют остающихся в монастыре монашек. Вплотную к церковной ограде размещается большая автобаза «Золототранса», которая начинает массированное наступление на церковь с целью получения ее помещений под свои нужды – клуб.
Состояние храма к этому времени было далеко не лучшее и требовало хотя бы «среднего ремонта». Последний ремонт храма производился от 7 до 15 лет, т.е. в 1918 году и 1925 году. Обеспокоенная община 12 сентября готова была приступить к ремонтным работам собственными силами, для чего необходимы были строительные материалы, которые мог отпустить только Горисполком по твердым государственным ценам.
Покровская церковь закрыта в апреле 1934 года, полуразрушена, в ней помещались цеха авторемонтного предприятия. В те же годы уничтожен надгробный памятник на могиле П.А. Пономарева.
Настоятелем храма Покрова Божией Матери с октября 2007 года является священник Валерий Некрасов. Первая служба в храме прошла в 2008 году на Пасху. Отец Валерий награжден званием протоиерея указом Святейшего патриарха Московского и Всея Руси Кирилла на Пасху 2011 года.
В храме три престола: Сретения Господа, Покрова Богородицы и Священномученика Ермолая, наставника Пантелеимона, иерея Никомидийского.
