Байкаловский приход возник в начале XVII-го века. Первая церковь в селе была во имя Рождества Христова. Её история не известна, но упоминания о ней относятся к 1710 году. В начале XVIII-го века построена деревянная во имя пророка Илии, которая во время одного из пожаров сгорела. Вместо нее байкаловцы вновь построили деревянную Ильинскую же церковь. Но уже в 1779 году недалеко от нее был заложен каменный храм с двумя приделами – главным в честь Покрова Божией Матери, освящён в 1800 году и северным Рождества Христова, освящён в 1797 году. В 1819 году был освящен еще один придел в колокольне в честь Рождества Иоанна Крестителя. В 1860 году деревянная церковь пророка Илии была разобрана. Но прежде был построен и в 1858 году освящен новый придел храма в честь пророка Илии.
С 1879 года по 1882 год была предпринята перестройка храма. Он был перестроен почти полностью, значительно расширен и поднят, упразднен придел в колокольне, а северный придел переименован в честь Рождества Иоанна Предтечи. От перестройки сильно изменился и внешний вид храма. После перестройки приделы были заново освящены. Главный из них был освящен в 1800 году. Высота колокольни со шпилем достигала 51 метр, главный колокол по воспоминаниям старожилов было слышно за 7 верст в д. Малковой. К этому времени храм строился уже не только на пожертвования прихожан. У церкви были магазины и лавки, выручка которых употреблялась на благоустройство храма. Священники же получали жалование из государственной казны.
К революции 1917 года в Байкалово служили уже три священника, которым помогали диакон и три псаломщика. Сложились прочные традиции проводить ярмарки: трёхдневную к Празднику Крещения, недельные к Покрову и Рождеству Иоанна Предтечи.
Вопрос о церкви серьёзно встал в мае 1925 года. Протоколом №9 от 29 декабря 1929 года церковь постановили закрыть с последующей передачей под клуб. На протоколе стоит красноречивая пометка «Оглашению не подлежит». Церковь в 1930-е годы потеряла не только кресты, но и купол с колокольней. Здесь надолго поселился клуб, а затем Дом Пионеров.
5 ноября 1992 года был зарегистрирован приход и в 1993 году здание церкви было возвращено верующим. Сейчас храм восстанавливается.
