Село Алфёровка основано в 1780 году переселенцами из Курской губернии. По местному преданию, деревня названа по имени первопоселенцев Алферовых. Развитие поселения велось неспешно. И только в 1903 году было начато строительство церкви. Средства на строительство храма собирали по всей округе.
Возводили церковь наемные строители, высокие мастера своего дела. Храм выдался на славу, четырехъярусное сооружение построено без единого гвоздя. На церкви было установлено три главки с крестами. Общий архитектурный стиль церкви Покрова Пресвятой Богородицы — эклектика, бревенчатый шатровый храм. Великолепный строительный материал, сосновые бревна доставлялись из соседней Башкирии.
В 1930 году участь множества храмов постигла и Алфёровский храм, он был закрыт, превращен в амбар, а позднее в нем был организован мехток.
В 1998 году церковь была включена в областной реестр памятников истории и культуры и объявлена объектом государственной собственности. Памятник деревянного зодчества, такой как церковь Покрова Пресвятой Богородицы в селе Алфёровка, является редким храмом для всего Оренбуржья.
