Строительство первого деревянного храма в слободе Марайской велось тщанием прихожан, и было в закончено к лету 1763 года. 26 июля 1763 года выдан антиминс. Церковь во имя Богоявления Господня была освящена 20 декабря 1763 года Ялуторовским заказчиком Епифанием Ярцевым по благословенной грамоте Преосвященного Павла Митрополита Тобольского и Сибирского. В 1788 году к Богоявленской церкви был заложен теплый придел во имя Рождества Пресвятой Богородицы, после чего церковь стала двухпрестольной. Храм представлял собой деревянное одноэтажное здание, крытое тесом в две теснины, с деревянной колокольней.
Возведение в слободе Марайской второй церкви, заменившей прежнюю, пришедшую в ветхость, относится к концу 1820-х годов. Окончательно храм был достроен на средства прихожан в 1830 году. Храм был деревянный, одноэтажный, с деревянной колокольней, трехглавый, с железными крестами и такими же решетками в окнах. Престолов в нем было устроено два: в 1830 году освящен престол во имя Рождества Богородицы в теплом приделе, а вскоре был освящен и главный престол во имя Богоявления Господня в главном холодном храме. Здание это 30 декабря 1861 года от неисправности отопления сгорело. В пожаре погибла большая часть колоколов и некоторые иконы, но иконостасы и утварь были спасены.
По указу Тобольской духовной консистории от 9 февраля 1862 года прихожанами был построен временный деревянный молитвенный дом из трех комнат. В одной из них отправлялось Богослужение до сооружения нового храма, в другой хранилось оставшееся от пожара имущество, третья комната использовалась для обучения крестьянских детей грамоте и жительства сторожей. Сохранившиеся колокола временно были повешены на столбах. Здание это позже использовалось для размещения сельского приходского училища и существовало до 1894 года.
Каменная трехпрестольная церковь в селе Марайском заложена 29 июня 1863 года благочинным Курганских окружных церквей священником Никитой Розановым при содействии местных священников. 7 сентября 1870 года благочинным Курганского округа, священником Елошанской церкви, Константином Рычковым был освящен престол во имя Богоявления Господня на правой стороне теплого придела, где был временно установлен старый, оставшийся от сгоревшей церкви и исправленный иконостас. Окончательно одноэтажный храм с колокольней в одной связи был построен на средства прихожан в 1872 году. В 1877 году на пожертвования прихожан был устроен величественный иконостас в холодном Петро-Павловском храме, а к 1881 году на их же средства были изготовлены два новых иконостаса для теплой церкви. Главный престол во имя Первоверховных апостолов Петра и Павла освящен 28 июня 1882 года, а к 1885 году освящен и престол во имя Рождества Пресвятой Богородицы на левой стороне теплого придела.
В 1886 году на средства прихожан была выстроена каменная церковная ограда с воротами и железными решетками, утвержденными в мраморных столбах, по углам которой с северо-западной стороны устроена сторожка, а с юго-западной каменная кладовая. К 1889 году ограда и здания при ней покрыты железом и оштукатурены. К 1892 году внутреннее пространство храма было расписано, в следующем году приобретен колокол весом 97 пудов, изготовленный по заказу в г. Гатчине. В Марайской церкви имелась резная икона Святителя и Чудотворца Николая, почитаемая прихожанами.
Церковь в с. Марайском Мостовского района была закрыта решением Челябинского облисполкома в 1938 году, в здании разместились мастерские автоколонны.
В начале 1990-х годов устроена временная церковь Богоявления Господня в приспособленном старом деревянном двухэтажном доме.
