Церковь апостолов Петра и Павла была построена в 1770 году на месте древнего женского монастыря. Петропавловская церковь представляет собой характерный пример провинциальной архитектуры второй половины ХVIII века, где элементы барокко эклектично соединены с формами, заимствованными в ХVII веке, что особенно чувствуется в объемно-пространственном решении центральной части храма с традиционным пятиглавием и ее декоре. Лишь в завершениях четверика и колокольни, в высоких кровлях, изящных луковичных главках прослеживается влияние архитектуры нового времени.
Кирпичное здание церкви расположено к востоку от Кремля, в центре города, внутри жилого квартала. В плане к прямоугольнику храма, вытянутому по оси восток-запад, с востока примыкает пятигранная апсида, по ширине несколько уступающая четверику, а с запада, прямоугольное помещение трапезной с округленными восточными углами. Центральная симметрия плана памятника нарушается тем, что объем колокольни сдвинут к северу, таким образом, что северные стены трапезной и колокольни на плане составляют одну линию. Второй ярус колокольни, в котором находится придел, в плане представляет собой прямоугольник со скошенными северо-западными углами, вытянутый по оси север-юг, с востока к которому примыкает пятигранная апсида.
Первоначальный облик церкви до наших дней не сохранился. В середине XX века была разобрана верхняя часть основного объёма, снесён второй ярус колокольни и с запада была сделана деревянная пристройка. До лета 2012 года здесь располагался музей истории края.
В 2012 году проводилась реставрация храма. Выполнены следующие ремонтно-реставрационные работы, укрепление бутовой кладки фундаментов, противокапиллярная гидроизоляция стен, реставрация кладки стен, ремонт кровли, замена окон, покраска фасадов, благоустройство территории, устройство отмостки, облицовка крыльца белым камнем. Работы на памятнике завершены в сентябре 2012 года.
С октября 2016 года храм передан Череповецкой епархии. Создан приход храма святых апостолов Петра и Павла.
