В конце XVIII – начале XIX века тщанием Высокопреосвященнейшего Платона Левшина, митрополита Московского, монастырь был обнесен каменной оградой с башнями. Попечением владыки монастырь благоукрашается, постепенно складывается его архитектурный комплекс.
Новый каменный храм, устроенный над северными вратами обители, был освящен во имя святых апостолов Петра и Павла. Выбор был сделан неслучайно, небесным покровителем митрополита Платона, в крещении Петра, был первоверховный апостол.
С архитектурной точки зрения церковь представляла собой двухэтажное здание с одним выступающим алтарным полукружием, завершавшееся колоколообразной кровлей с барабаном и главой на нем. Первый этаж отводился под хозяйственные нужды, на втором находился сам храм. Внутреннее убранство церкви окончательно складывается к середине XIX века.
В 1850 году попечением строителя иеромонаха Георгия установлен резной позолоченный иконостас, два ряда икон которого, местный и праздничный, были выполнены в греческом стиле, расписаны алтарь и стены храма. В этом же году церковь, по благословению Преосвященного Филарета, митрополита Московского и Коломенского, была освящена настоятелем обители строителем иеромонахом Георгием. В сентябре 1895 года при строителе иеромонахе Гаврииле начат ремонт Петропавловского храма. Вместо прежних деревянных накатов пола и потолка были сделаны своды из кирпича, настелен паркетный пол. В 1896 году у северных монастырских ворот выстроен двухэтажный дом, примыкавший к Петропавловской церкви. В 1906 году здесь находились братские келии.
В этом здании в 1993 году разместились первые насельницы возрождавшегося Свято-Троицкого монастыря. Петропавловская церковь стала первым действующим храмом в обители.
