Хpaм этот, сейчас не существующий, располагался рядом с городской тюрьмой на Петропавловской площади. История его связана с появлением в Астрахани стрелецких слобод. В 30-х годах XVII века, когда при царе Михаиле Фёдоровиче были воздвигнуты каменные стены Белого города, сюда, по свидетельству голштинского путешественника Адама Олеария, переселили на постоянное жительство несколько стрелецких полков, отчего и сам Белый город, по его словам, стали называть Стрелецким. Стрелецкие слободы получили своё наименование по имени стрелецких полковников: Змиева, Шепилова и Сьянова и устраивались постепенно. Первой из их числа была устроена слобода Сьянова, существовавшая уже в 40-х годах семнадцатого столетия. Она была самой западной и располагалась между Житным двором и Мочаговскими воротами Белого города. Здесь же в 40-х годах возникает и первая приходская церковь в Земляном городе, носившая наименование в честь Богоявления. Упоминание об этом храме имеется уже в 1648 году, о чём свидетельствовала надпись на Евангелии, подаренном царём Алексеем Михайловичем. Эта Богоявленская церковь существовала ещё в 1671 году. Но позже, видимо, сгорела или обветшала от времени, потому что в 1697 году на её месте деревянная Петропавловская церковь. О связи этих храмов говорило древнее Евангелие, подаренное царём Алексеем Михайловичем в церковь Богоявления, которое позже оказалось в Петропавловском храме. О причине названия церкви в Сьяновой слободе в честь Святых Апостолов Петра и Павла можно судить по тому, что построена она была в начале царствования царя Петра Алексеевича, наречённого в честь Первоверховного Апостола Петра.
Первоначально Петропавловский храм стоял в слободе Сияновой у Мочаговских ворот. К 1723 году первый деревянный храм сильно обветшал и церковный староста Михаил Иванович Сербин на свои средства начал строить другой, тоже деревянный. К 1730 году строительство храма было завершено, и он в июле этого года был освящён архимандритом Спасского монастыря Иларионом, вместе с приделом. К середине XVIII века около Адмиралтейства была образована небольшая слобода, около 150 дворов, куда поселили разных чинов служителей «Астраханской конторы над портом» вместе с семействами. В 1749 году представители этой конторы обратились к епископу Илариону с просьбой старую деревянную Петропавловскую церковь, которая по ветхости своей предназначалась в ломку, перенести в новообразовавшуюся слободу. Владыка благословил это дело, и церковь, разобрав, перенесли на запад, где она продолжала стоять все оставшееся время. Храм украсила новая деревянная колокольня, а также к трапезе его, с южной стороны, была пристроена придельная церковь в честь Святого Апостола Андрея Первозванного, покровителя русских моряков. Перенесённая церковь была стара и ветха, отчего в скором времени потребовалось её подновление. 30 октября 1763 года епископ Астраханский Мефодий выдал «морского флота капитану над флотом» Илье Токмачёву грамоту, благословив ему сбор средств на «возобновление здесь, в Астрахани, церкви во имя Апостолов Петра и Павла канастаса и на покрытие оной вновь крыши досками».
После революционных событий 1917 года церковь долго действовала под юрисдикцией Православной Церкви, несмотря на неоднократные попытки обновленцев захватить её. Им удалось это сделать только в 1930 году после ареста Астраханского епископа Филиппа Ставицкого. В 1934 году советские власти окончательно закрыли храм, а вскоре сломали. Вот как описывает историю уничтожения Петропавловского храма А.И. Кузнецов, «Небезынтересно вспомнить судьбу церкви Петра и Павла. Целый год она стояла взаперти. Однажды ко мне, как к консультанту Госрыбтреста, обратился директор Пролетарского рыбзавода с просьбой поставить визу на договоре. Договор заключался между Горкоммунхозом и рыбзаводом на продажу на слом церкви Петра и Павла. Я постыдил директора, неужели ради щебня нужно ломать старинную прекрасную церковь? Визу на договор я не поставил. Конечно, обошлись и без меня, но на службе стали именовать меня «церковник». Очень скоро церковь сломали, но кирпич и щебень несколько лет лежали неубранными».
