В середине восточного корпуса находятся главные въездные ворота, над которыми стоит надвратная Петропавловская церковь. В 1692 году возведена надвратная церковь во имя святого Ефрема Сирина, позже она была переименована в честь первоверховных апостолов Петра и Павла.
В 1770 году в обители случился большой пожар, после которого пришлось восстанавливать изрядно пострадавшие церкви, надвратную во имя преподобного Ефрема Сирина и больничную во имя Соловецких чудотворцев Зосимы и Савватия. После ремонта было решено освятить надвратную церковь во имя первоверховных апостолов Петра и Павла, а в больничной устроить придел и освятить его во имя преп. Ефрема Сирина.
И уже 12 июля 2005 года, в престольный праздник, в храме во имя св. апостолов Петра и Павла прошла первая Божественная литургия, совершенная монахами Печерского монастыря во главе с игуменом Тихоном. После службы состоялся крестный ход к восстановленной могиле князя Бориса Голицына, и отслужена лития по почившим настоятелям монастыря.
В августе 2009 года художниками мастерской «Традиция» при нижегородском соборе св. Александра Невского была завершена роспись алтаря надвратного храма в честь святых апостолов Петра и Павла. В качестве иконографических образцов художниками были выбраны работы византийских мастеров XII века. Полностью храм был расписан к концу 2012 года, т.к. работы велись тщательно и не спеша. 14 декабря 2012 года епископ Выксунский и Павловский Варнава совершил чин Великого освящения храма.
