На Южном Берегу Крыма, кроме царских имений «Ливадия» и «Ореанда», находились также имения ближайших родственников династии Романовых. Начиная со второй половины XIX века ими были приобретены участки земли, на которых возводились великолепные дворцы, виллы, церкви и другие постройки лучшими зодчими России того времени. Одним из таких архитектурных шедевров был дворец и храм в имение Великого князя Георгия Михайловича «Харакс». Название связано с находившейся здесь в I – III вв.н.э. древнеримской крепости с благозвучным греческим словом «харакс».
По проекту талантливого зодчего Николая Петровича Краснова в имении вначале построили дворец в стиле «шотландского шале» и различные хозяйственные постройки. Великий князь, генерал-лейтенант Георгий Михайлович был женат на греческой принцессе Марии Георгиевне. У Их Высочеств было две дочери — Нина и младшая Ксения. Летом 1905 года старшая дочь заболела дифтеритом. Четырехлетней девочке сделали операцию немецкие врачи из города Хомбурга, около Дармштадта. Успешная операция произошла 6 августа. В этот день православная церковь празднует один из двунадесятых праздников – Преображение Господне. Георгий Михайлович увидел в этом настоящее чудо, Господь Бог исцелил безнадежно больного дитя и в память этого он решил у себя в имении «Харакс» воздвигнуть церковь – святой равноапостольной Нине, небесной покровительнице старшей дочери и Преображения Господня, день операции. Проект церкви Великий князь также заказал Н.П. Краснову.
В день памяти равноапостольной Нины, просветительницы Грузии, 14 января 1906 года, в присутствии Великого князя Георгия Михайловича, его брата Великого князя Александра Михайловича и его жены Великой княгини Ксении Александровны, сестра Николая ІІ и гостей из Ялты состоялась закладка церкви. Вот что писал архитектор Высочайшего двора о храме в имении:
«Церковь в имении Его Императорского Высочества великого князя Георгия Михайловича Харакс построена в 1908 году и окончена отделкой в 1912 году. Проектирована в стиле грузинских и армянских церквей на Кавказе – Ахпата и Гелатского собора. Сложена из местного известняка, отделанного в виде штучных камней, с высечкой орнаментальных частей из того же камня. Крыша церкви исполнена из каменных плит, уложенных по железобетонным сводам. Иконостас церкви высечен из красного полированного известняка. Царские врата, северные врата и киоты местных икон исполнены из бронзы в том же характере церкви. При церкви отдельно стоящая звонница, примыкающая к подпорной стене сада».
На восьмигранном барабане стоял купол храма, который украшал четырехконечный каменный крест. По эскизу художника А. Славцова знаменитая итальянская мастерская Антонио Сальвиати изготовила мозаичный образ Спаса Нерукотворного, который находился над центральным входом. Этот образ был скопирован с иконы в домике Петра І в Петербурге. Эта икона была с Петром І в Полтавском сражении и являлась особо почитаемой династией Романовых. Маленькая, изящная, гармоничная церковь стала украшением Южного Берега.
В октябре 1913 года Н.П.Краснову было присвоено звание академика архитектуры. В предоставленном списке в академию своих основных работ, более шестидесяти, он считал наиболее лучшими это Ливадийский дворец и церковь Преображения и святой Нины в имении «Харакс».
В учетном списке ликвидированных храмов находящихся на территории Ялтинского округа за 18 июня 1923 год значится, что в бывшем имение «Харакс» находится Дом отдыха ЦК РКП (б) Украины. Церковь согласно существующему в то время положению о домовых храмах должна быть ликвидирована. Службы больше не совершались и церковь, в которой молилилась многочисленная Царская фамилия, используется под различные мастерские и склады. Полное уничтожение мозаики, варварское отношение к храму Божиему в имении «Харакс» можно внести в список потерь, понесенных культурным наследием Крыма за годы Советской власти.30 декабря 1991 года местными жителями был снят замок с церкви, где находился склад Симферопольских археологов.
Со временем начались первые богослужения, которые совершал настоятель храма Архангела Михаила в Алупке протоиерей Валерий Бояринцев. В декабре 1993 года настоятелем церкви стал иеромонах Алипий Козолий, ныне епископ Джанкойский и Раздольненский. С октября 2011 года настоятелем храма святой равноапостольной Нины и Преображения Господня с благословления Митрополита Симферопольского и Крымского Лазаря становится иерей Константин Дмитренко. Начинается новая страница жизни удивительной церкви.