Существует информация, что храм Николы Доброго был построен еще в XI-XIII веках.
Есть киевская легенда о плененном половчаниние, пообещавшем киевлянину Добрику перед иконой святого Николая, что пригонит табун лошадей, если будет свободен. Его отпустили, но долг свой половчанин не собирался возвращать. Во время болезни к нему во сне явился святой Николай и напомнил об обещании. Тогда половец пригнал два табуна — для Добрика и для храма святому Николаю. Где был точно это храм сегодня не известно.
В XVI веке запорожский гетман Матвей Самийло Кушка построил деревянный храм на Подоле, а рядом больницу для немощных и стариков. С тех пор и закрепилось за храмом название Николы Доброго. Храм сгорел в 1651 году, отстроили его в 1662 году. По разным данным — в 1716 году или в 1706 году храм перестроили — уже из камня при непосредственном участии священника и в будущем протоиерея Симеона Ширыпы. После постройки храма начали возведение колокольни. Храм разобрали в 1799 году.
Новый храм построили в 1800-1807 годах по проекту известного киевского архитектора А.Миленского в стиле ампир. Ужасный пожар 1811 года повредил храм и его реставрировали. Западный фасад был украшен выносным четырехколонным портиком тосканского ордера. Северная и южная стороны украшались треугольными фронтонами.
Над западной стеной размещались две башни-звонницы из шести соединенных колонн ионического ордера. Они поддерживали полусферические купола на широком антаблементе. Над центром здания размещался большой многогранный купол с полуциркульными окнами. Над куполом был небольшой купол — так называемый фонарик. В середине храма был большой ампирный иконостас в виде короны, который поддерживали колонны коринфского ордера. На стенах сохранялись росписи 1855 года художника Сухобовского.
В 1913 году в храме венчался Михаил Булгаков и Татьяна Лаппа. Храм разрушили в 1935 году и на его месте соорудили школу, которая стоит и сейчас.
Сохранилась только колокольня, которую иногда ошибочно называют храмом Николы Доброго.
Колокольня построена в традициях московской архитектуры с элементами украинского зодчества. Есть предположение, что ее спроектировал тот же автор, что и колокольню Ильинской церкви на набережной.
В 1718 году еще недостроенную колокольню с надвратной церковью Симеона Столпника повредил пожар. Умирая, Семен Ширыпа взял клятву с сына Михаила, что он восстановит и храм, и колокольню. При пособничестве митрополита Рафаила Заборовского начали собирать деньки на ремонт храма и колокольни. Но при строительстве самой церкви святого Николая » в русском вкусе» — в храме молилилсь в основном русские купцы, проживающие на Подоле, было допущено много архитектурных ошибок и храм грозил развалиться. После ремонта храм снова стал наклоняться. Известные купцы ездили по империи и собирали средста на ремонт храма. В плачевном состоянии наодился и второй ярус колокольни. Над ее возрождением трудился уже внук С. Ширыпы — священник Гаврила. Ремонтом колокольни руководил «мурованных дел мастер» киевский архитектор Иван Григорович-Барский. Тогда увеличили оконные проемы, удалили центральный столб, занимавший много места, стены и своды укрепили металлическими конструкциями, заменена была кровля. Церковь Симеона была торжественно окрыта в 1781 году. Через 6 лет службы стали проходить только в храме святого Симеона, так как Николаевская церковь снова стала аварийно-опасной. И уже в 1799 году с одобрения киевского митрополита решили старый храм снести и посторить на его месте новый. Нежелание парафиян Николаевской церкви ходить временно в стоящую рядом Покровскую церковь привело к тому, что сумму на новый храм собрали довольно быстро. 15 июня 1800 года был торжественно заложен первый камень нового храма. Во время пожара 1811 года полностью обгорела колокольня храма, поплавились колокола, уничтожена была церковь святого Симеона. Решено было соорудить под колокольней «тёплый храм», а церковь святого Симона переименовали в церковь святой Варвары. В 1854 году начали росписывать храм Варвары.
Сегодня церковь принадлежит греко-католической парафии.
