Первоначальный храм во имя святителя Николая Чудотворца был возведен на месте будущей обители еще в 1675 году. Впоследствии новая Никольская церковь стала второй в обители, её освящение последовало 9 мая 1685 года. По описанию 1732 года, церковь была: «низменная, с северну сторону с перерубом, с трапезой и с папертью. На той церкви верх четырехгранной небольшой четвероклинчатой без главы, крест обит белым железом. А в церкви царские двери писаны краской.» В отличии от Троицкой церкви, Никольский храм отапливался зимой. Был сломан в 1763 году «за ветхостью».
В 1797 году на месте Никольского храма построили новую деревянную церковь во имя первоверховных апостолов Петра и Павла. В 1875 году покрыли железом крышу. По свидетельству И. Токмакова, в конце XIX века в церкви полностью сохранялся пятиярусный иконостас XVII века с образами, привезенными при основании монастыря. В 1893 году была закончена реставрация церкви: подведен каменный фундамент, сменены два нижних венца и перестроены вновь паперть и галерея. Храм сделали отапливаемым, однако 31 декабря 1897 года он сгорел.
В 1900-1904 годах на месте сгоревшей деревянной Петро-Павловской церкви построили каменную во имя святителя Николая Чудотворца, которую освятили в июне 1905 года. Вместе с пристроем алтаря длина храма составила 33 метра. Архитектура Никольской церкви своеобразно вобрала в себя различные элементы, характерные для времени строительства и более раннего периода. Храм был пятиглавым, стены обработаны немногими вертикальными и горизонтальными членениями. Характерной частью фасадов церкви являлся криволинейный деревянный карниз большого выноса, часто употреблявшийся в строительстве городских жилых зданий. Важным элементом архитектуры были монументальные обрамления дверных проемов на южном и северном фасадах.
Ко времени начала возрождения монастыря надстройки выше главного карниза были сняты, строение имело обычную крышу. К 2012 году храм вновь украсился луковичным пятиглавием.
