На месте, где сегодня стоит Свято-Никольская церковь, в начале века стояла небольшая часовня. Она была построена еще до закладки знаменитого Слюдянского вокзала. Согласно устоявшемуся обычаю, при возникновении более или менее крупного поселка или станции вначале ставили часовню, реже церковь.
Возвращаясь из кругосветного путешествия из Японии, Великий князь Николай Александрович, будущий император Всероссийский Николай II, по пути в Иркутск побывал в Слюдянке. Рассказывают, что он предложил, чтобы из ворот будущего вокзала к дверям будущего храма вела аллея, обсаженная деревьями, чтобы каждый приехавший мог войти в храм и возблагодарить Бога за благополучное окончание пути. Об этом рассказывал и бывший настоятель Слюдянской церкви протоиерей Владимир Шарунов, скончавшийся в мае 2004 года. Было решено перенести уже готовую церковь из пади «Половинка» Кругобайкальской железной дороги. Там ее поставили еще в 1903 году. К августу того же года хотели освятить. Но последовало указание перенести ее. Первоначально решили установить церковь на станции Малый Баранчик, но затем остановили свой выбор на быстро растущем пристанционном поселке Слюдянка. Сюда церковь перенесли в начале 1906 года. Освящена она была в этом же 1906 году священником соседней Култукской церкви Иннокентием Чуриновым, так как, по-видимому, пока еще не был назначен священник в Слюдянскую церковь.
Ее описание найдено в Клировых ведомостях Култукской Николаевской церкви за 1907 год:
«Здание деревянное, одноэтажное с такою же колокольней. Один престол во имя святителя Николая, святителя Иннокентия и мученицы Татианы. Храм отапливается одной печью. Утвари еще не достаточно. Причта: один священник и псаломщик. Живет в железнодорожном доме. До 1907 года причт жалованием из казны не пользовался. С 1 января положено жалование от Забайкальской железной дороги: священнику – 1200 рублей в год, псаломщику – 720 рублей. Приписных церквей в приходе нет. Священник – Мустафин Николай Андреев, сын чиновника. По окончании Иркутской духовной семинарии в 1906 году рукоположен преосвященным Тихоном в Слюдянскую церковь. Псаломщик – Маков Владимир Еремеев. Староста церкви – Торопцев ВасилийМихайлов».
К 1914 году в Слюдянском Свято-Никольском приходе состояло более 500 дворов и около двух тысяч ста прихожан. Прихожане посещали церковь в будние дни по мере необходимости, но на воскресные и праздничные богослужения приходить старались почти все. И так как помещение церкви уже не могло вместить всех желающих, было разрешено разобрать старую, перенесенную из пади «Половинка», и построить новую.
Новое здание было построено служащими постройки 2-го пути Кругобайкальской железной дороги. На постройку церкви было выделено «монаршей щедростью» 2000 рублей из государственной казны и 3250 рублей, ассигнованных Думой по смете Министерства путей сообщения на подведение фундамента. Кроме того, с разрешения епархиального начальства на строительство были потрачены остатки церковных доходов и пожертвования со стороны прихожан. В новой церкви, так же, как и в первой, был один престол во имя святителей Николая Чудотворца и Иннокентия Иркутского и мученицы Татианы.
Церковь построена в псевдорусских формах с элементами русского модерна. По облику она походила на теремок с шатрами, кокошниками, маковками, такая архитектура характерна для русского стиля второй половины XIX и начала XX веков.
Здание церкви — деревянное, одноэтажное. Фундамент и цоколь — из байкальского мрамора. Стены сложены из бревен, рубленых в углах с остатком, цокольная часть и фриз обшиты дощечками, карнизы украшены подзорами. Храм в плане имеет форму креста.
В северном и южном прорубах имеются две двери, ведущие на мраморные крыльца. Алтарь имеет два узких окна и две маленькие пристройки, выполнявшие, по всей видимости, роль пономарки и ризницы.
Главный вход был с западного трехстороннего мраморного крыльца, над которым на столбах установлен шатровый навес.
Притвор разделен на три части: слева — комната, внутри которой находится лестница, ведущая на колокольню; справа — помещение для сторожа, сейчас здесь находится просфорня и сквозное помещение, пройдя через которое, человек попадал в храм. Отопление было предусмотрено печное, печей было пять, из них одна в алтаре. Над притвором возвышалась колокольня с шатровым завершением и маковкой с крестом.
Над крышей центральной части был устроен четверик, а над ним возвышался шатер с маковкой. На каждом углу этой кровли, в плане представляющей квадрат, возвышались на барабанах четыре малых маковки. Кроме того, малые маковки были еще над двумя навершиями, установленными по обе стороны от колокольни, а так же над шатровым навесом над главным крыльцом. Автором проекта был православный немец Гюнтер. Церковь была построена «крыльцо в крыльцо» с вокзалом и представляла вместе с ним лицо станции — будущего города. Из дверей храма к дверям вокзала вела аллея, обсаженная акациями. Около церкви и в близлежащей местности были оставлены одиночные деревья от старой тайги. Некоторые были выше церковной колокольни и вокзального шпиля.
По воспоминаниям Быкова Владимира Петровича, слюдянского старожила, краеведа и геолога, «дорогу около вокзала и проезды вокруг церкви замостили булыжником, привезенным с берега Байкала. Осталась не замощенной только северная сторона, где проходил Московский тракт, проложенный в 1863 году. Улицу назвали «Вторая вокзальная». С одной стороны улицу застроили магазинами и лавчонками». О каменной мостовой мне рассказывали и другие слюдянцы, в том числе и Силантьев Владимир Петрович — главный редактор газеты «Славное море», местный краевед. Ограда церкви была чугунная литая художественная, но куда она делась потом, неизвестно. Новопостроенная церковь была освящена 29 декабря 1915 года.
Настоятелем новой церкви стал Михаил Болдовский, который, впрочем, занимал эту должность с 1911 года, после окончания Иркутской Духовной Семинарии.
В 1922 году было проведено изъятие церковных ценностей из Слюдянской церкви. Было «изъято два серебряных сосуда с принадлежностями, один напрестольный крест, одно серебряное кадило, три иконных ризы. Общий вес изъятого составляет 10 ф. 36 золот. серебра».
Свято-Никольская церковь была закрыта в 1929 году.
В 1947 году здание церкви было возвращено верующим и с 27 апреля того же года в храме возобновились богослужения.
Сейчас здание церкви восстановлено в первоначальном виде.
