Архивных сведений о церкви Николая Чудотворца в с. Мултаново имеется не много, так как построена она незадолго до революции. В небольшом рыбацком поселке, возникшем на реке Малой Лебяжьей в низовьях Волги, не было своего приходского храма, а издавна имелась небольшая деревянная часовня в честь Святого Николая Чудотворца. К 1908 году в Мултаново числилось около 100 дворов и проживало 580 человек. Население составляли русские выходцы из верхних губерний России, по вероисповеданию, православные. Приезжали сюда и старообрядцы, но не нашли сочувствия. Поселок располагался в нескольких верстах от известного в Астраханской губернии мужского монастыря, Высогорской Николаевской Чуркинской пустыни. Официально поселок был приписан к приходу Казанской церкви с. Марфино Красноярского уезда, в которой к началу 20 века служили два священника. По большим праздникам и дни великого поста один из них приезжал в Мултаново, причащал запасными дарами прихожан, служил молебны в часовне. К 1907 году старая часовня обветшала и уже не вмещала всех прихожан. Жители взялись за постройку новой, более просторной часовни, но в итоге была воздвигнута небольшая церковь, освященная уже в 1909 году. В «Астраханских епархиальных ведомостях» №6 за 1909 года имеется небольшая статья, «Освящение храма в с. Мултаново Красноярского уезда», подписанная инициалами «В.П.». Вероятно, автором её был настоятель Марфинского храма Владимир Поляков, под руководством которого и строилась Мултановская церковь.
Церковь Святого Николая п. Мултаново оставалась приписной к двухштатному приходу Казанской церкви с. Марфино. Жители Мултаново хотели иметь свой отдельный причт со священником, но малочисленность населения и недостаток средств не позволяли им этого. Строительство церкви Святого Николая Чудотворца, запланированной первоначально как часовни, продолжалось после 1909 года и завершилось пристройкой прямоугольной трапезной и двухъярусной колокольни, перекрытой также восьмигранным шатром, таким же, как над основной частью церкви.
18 сентября 1917 года по распоряжению архиепископа Астраханского и Енотаевского Митрофана Краснопольского в с. Мултаново был открыт самостоятельный приход с назначением на священническое место выпускника Астраханской духовной семинарии о. Василия Хатунцева.
В 1922 году, когда по стране повсеместно проводилось изъятие церковных ценностей, из Мултановской церкви 22 августа была конфискована серебряно-вызолоченая богослужебная утварь, дарохранительница, потир, дискос с тарелочкой, лжица, копье звездица, ковш и оклад с Евангелия. Вес изъятого серебра составил 6 фунтов 77,5 зол.
Община верующих с. Мултаново продолжала пользоваться церковью до 1940 года. В это время большинство храмов было уже закрыто. В протоколе Володарского райисполкома №47 от 18 сентября 1940 года записано, «Проверкой установлено, что община верующих с. Мултаново до настоящего времени пользовалась как церковью, так имуществом незаконно. Двадцатки не существует, договора на пользование зданием и имуществом никогда не заключалось».
Церковь в с. Мултаново Володарского района закрыли 25 октября 1940 года по решению исполнительного комитета Астраханского окружного Совета. 24 сентября 1941 года районные власти решили здания закрытых церквей, в том числе и в с. Мултаново, передать в государственный фонд для разборки и продажи под строительный материал. Но по каким-то причинам, вероятно, из-за начавшейся войны, церковь уцелела и использовалась под хозяйственный склад. В настоящее время идёт постепенное её возрождение.
