Слева от главного входа в уютном дворике стоит небольшая церковь св.Николая. Основание ее также связано с именем Черниговского князя Святослава Давидовича, в 1106-1108 годах на его средства была построена Троицкая надвратная церковь. Именно он основал в этот период больницу для больных монахов. Со временем эта больница вошла в состав Никольского монастыря, он в те времена назывался Троицким. Возможно, именно в этот период была построена деревянная Никольская церковь, однако свдений о времени ее сооружения, как и других деревянных построек, не сохранилось. Не известно, кто ее построил — или монахи Киево-Печерского монастыря, в честь их брата-благодетеля или сам князь в честь его святого покровителя — Николая Мирликийского.
Впервые о деревянной церкви упоминается в 1462 году. На ее месте в XVII веке была построена каменная церковь, которая сохранилась по сей день. Ее стены украшены пилястрами, окна обрамлены профилированными наличниками. Небольшую башню — апсиду завершает двухъярусный грушевидной формы купол с золотыми звездами на синем фоне и с позолоченным литым голубем, сидящем на кресте. Барабан купола декорирован лепным растительным орнаментом и пояском из цветных керамических розеток. Крыша двухскатная, с заломом. Окон — 16, восемь в барабане, пять — в апсиде, три — на южной стене храма. В плане строение трехкамерное, состоит из церкви, притвора и трапезной. Все это предает церкви легких грациозных форм, типичных для украинского барокко. Высота церкви 16,5 м. Интерьер церкви украшал трехъярусный, вырезанный из липового дерева, позолоченный иконостас. Основным декоративным элементом был рокайль — художественно украшенная стилизованная черепашка. Иконостас выполнил в 1780 году киевский сницарь А.С. Здарилковский. Иконы писали лаврские художники под руководством З.П. Голубовского.
В 1802 году известным киевским мастером золотых дел С.И. Стрельбицким для иконостаса были сделаны серебряные царские врата. В 1878 году для престола церкви Варшавская фирма Фраже изготовила мельхиоровый позолоченный оклад. С севера к церкви примыкают пристройки XVIII-XIX столетий: ризница, пономарня, диаконник. Тогда же к западной стене пристроили Трапезную. В 1768 году возводится колокольня Никольского трапезного храма. И только с востока и юга церковь сохранила свой первоначальный вид. Над первым этажом в 1861 году был надстроен второй этаж, где разместилась больничная церковь — «Утоли мои печали». Но это очень исказило вид сооружения. Такой церковь оставалась до немецко-фашистской оккупации Киева, во время которой она была разрушена. В 1958 году по проекту архитектора Е.М. Пламеницкой памятник реставрирован, ему возвращены первоначальные архитектурные формы. В 1982 году на фасаде церкви установлена бронзовая доска с барельефом прп. Агапита, на память о первом лекаре Киевской Руси. Сейчас здесь находится лекторий Национального Киево-Печерского историко-культурного заповедника.
