Вблизи крепости Еникале в XVIII веке была построена церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы и второй придел Святителя Николая, которая принадлежала греческой епархии. Послевоенные годы церковь не была полностью разрушена. Основные строения уцелели, где и проводились богослужения. В коммунистические годы церковь была закрыта, и богослужения в ней не проводились. В бывшем храме располагалась лечебная клиника. Через некоторое время клиника была закрыта и перестроена для жилья людей. Со временем проживающих людей переселили в квартиры, а само строение было полностью разрушено. В 2001 году на основании бывшего Свято-Успенского храма и придела в честь Святителя Николая возникла мысль создать Свято-Николаевскую церковь в центре поселка Стройгородок по улице Ярошенко, 14 а, где и был освящен земельный участок, на котором восстановлен крест.
С 2002 года совершались Богослужения в металлическом контейнере, который был завезен на освященный земельный участок, вблизи которого располагался овощной ларек, принадлежавший рынку. По ходатайству священника Владимира Фастовича этот ларек был передан для перестройки церковного помещения в 2003 году. Постепенно проводилась перестройка под церковь Святителя Николая. Земля, на которой совершалось строение, была оформлена документом договора-аренды.
В 2004 году Архиерейским Синодом Русской Православной Церкви за границей во главе с Митрополитом Лавром было вынесено решение оказывать финансовую помощь строительству храма, средства перечислялись на церковный счет. На преобретенные деньги продолжалось строительство храма, который был зарегистрирован в Совете по делам религий и относился к Одесской Епархии. По 2007 год регулярно совершались Богослужения.
С 2008 года по благословению священника Владимира Фастовича Свято-Николаевский приход перешел в Симферопольскую и Крымскую Епархию. 17 декабря 2008 года Митрополитом Лазарем был выдан указ под №59 о назначении протоиерея Владимира Фастовича к Свято-Николаевскому храму города Керчи. 16 ноября 2008 года был выдан церковный устав, зарегистрированный в Совете по делам религий.
