Никольская церковь построена на месте деревянной в 1768 году, ей уже больше 240 лет. Она представляет образец местного архитектурного стиля, получившего название «вятское барокко». Николаевская церковь была построена под руководством Никиты и Данилы Горынцевых.
Выходец из Устюжского уезда Двинской трети деревни Онисовой черносошный крестьянин Никита Горынцев слыл опытным зодчим, который «через долговременную опытность в постройке и даже сочинении планов приобрел немалое искусство». Он участвовал в закладке фундамента кафедрального собора в городе Вятке в 1760 году, а позднее ему как искусному строителю было поручено исправить низко сведенные своды в том же соборе. В 1765 году Никиту Горынцева приглашают жители села Истобенского к строению каменного Николаевского храма. Строительные работы неудачно начатые вятским каменщиком — жителем города Хлынова Алексеем Окуловым, заставили прихожан Истобенской церкви послать «выборных к тому строению» Ивана Савина и Дмитрия Королева в Великий Устюг для заключения подрядного контракта с устюжскими каменщиками. Николаевская церковь возводилась по рисунку, «который малявил в Устюге Прокопьевский пономарь».
В подрядной записи дан подробный словесный «портрет» облика будущего храма «от полу до зводного замка 6 аршин с половиною, в церкви до замка 7 аршин с половиною, в верхней холодной церкви от пола до паникадильного кольца 7 сажен с половиною, а церковь о два окна, а алтарь и трапеза, а выше церковного своду класть два осьмерика, третья шейка, а вся б та церковь с шейкой не ниже 16 сажен, а у всей той церкви окна делать, также около окон в пристойных местах поясы и вверху шестерики искусною мастерскою тескою. Колокольню класть с паперти, а по левую руку и паперти прикласть палатку, а выше трапезной крышки колокольню класть до слухов на восьми граней в вышину до подзорного пояса 8 сажен, а подзорный пояс в 2 аршина, с половиною, над сводом осьмерик чтоб был к красе»
Выстроенный в 1768 году Никольский храм расположен в центре села на живописном левобережье Вятки. Памятник принадлежит к немногочисленной на Вятке группе двухэтажных церквей. Верхний этаж, освещаемый двумя рядами окон, использовался как летний храм, нижний — отводился под зимнее церковнослужение. Колокольня над папертью придает объемному решению храма подобие «корабля». Все здание кажется легким, стремительно взметнувшимся к небу, начиная от вытянутого алтаря и кончая взлетом ярусного завершения. Оно состоит из двух световых восьмериков, несущих маленькую главку на тонкой шейке.
Храм развернулся боковым фасадом по течению реки Вятки. Главная холодная церковь двухъярусная. Первый ярус — куб, второй восьмерик, увенчанный восьмигранным барабаном с главкой. С востока к ней примыкает пятигранная абсида с алтарём во имя Святой Троицы, с запада, тоже квадратная в плане, тёплая церковь, в ней слева — алтарь Введения, справа — Спаса. Длина церкви без паперти 45,16 м, ширина 17,72 м.
Церковь обнесена металлической оградой, которая имеет каменные столбы, они расположены на равном расстоянии друг от друга. С восточной стороны ограда повторяет очертания апсиды, с западной – имеются две воротные калитки.
Внутри стены церкви оштукатурены и покрыты росписью масляными красками с орнаментом и изображениями религиозного характера. В 1865 году иконы для тёплого храма расписывал вятский иконописец, мещанин, педагог Чернышев Николай Александрович.
Мягкую пластичность силуэту храма придают «полуглавия» — фронтоны над центральными осями храмового объема. Трехъярусное построение выдает прием устюжских мастеров, но в истобенской постройке Никита Горынцев не во всем следует традициям. Алтарь, который в двухэтажных церквах Великого Устюга, как правило, сооружался ступенчатым, мастер выстраивает в форме единого пятигранного объема. Сравнивая Никольский храм с постройками Великого Устюга, еще раз убеждаешься в его ярко выраженной индивидуальности. Памятник в селе Истобенском следует признать шедевром вятской школы зодчества середины XVIII столетия и лучшим творением Никиты Горынцева.
Ф.М. Росляков работал здесь с 1797 года и внёс свои коррективы. Он поставил над папертью палатку. Чарушин усилил входную группу, пристроил боковые палатки, которые как бы охватили храм с двух сторон. Внутри появилась ещё двухмаршевая расходящаяся лестница, опоясывающая всё пространство.
В 1932 году церковь закрыли, организовав в ней сначала ткацкую фабрику, а затем мастерскую по ремонту сельскохозяйственной техники.
