Предположительным временем возникновения Ботьмы является вторая половина XVI века. Поселение отличалось от соседних русских селений по национальности и социальному статусу.
Каменная Никольская церковь была построена сравнительно поздно — в 1907 году. Службы в ней начались с 1910 года. Храм имел красивые и гармоничные архитектурные формы и декоративные элементы, был закрыт в 1941 году, взорван в 1955 году перед созданием Куйбышевского водохранилища. В 1952-1955 годах большая часть жителей Ботьмы переселилась из зоны затопления на возвышенное место.
В августе 2014 году в ходе второй в истории Ульяновской области подводной экспедиции было проведено обследование акватории Куйбышевского водохранилища на месте затопленного села, но обнаружить остатки фундамента Никольской церкви не удалось. В феврале 2015 года с помощью специального робота и видеокамеры члены историко-географической экспедиции сумели найти хорошо сохранившийся фундамент Ботьминского храма.
Долгое время Ботьма, несмотря на значительные размеры и количество населения, оставалась деревней. И вот в 1907 году, приход открыт в 1910 году, тщанием прихожан была построена сразу каменная церковь на 500 человек. Обычно сначала сооружали деревянный храм, а уже потом, поднакопив необходимые немалые деньги или из-за ветхости и маленьких размеров старого, возводили кирпичный. Ботьма стала селом, правда, всего лишь на полвека. Одна из наиболее вероятных причин того, что в ней так долго не было церкви — это то, что поселение никогда не было помещичьим, и поэтому сельчане могли рассчитывать только на свои силы и средства.
Новый храм имел один престол во имя Святого и Чудотворца Николая. В церковной ведомости отмечается бедность утвари. Однако в 1910 году прихожане построили деревянные дома для священно- и церковнослужителей, а также сторожей и просфорни. Ближайшей являлась Михайло-Архангельская церковь в с. Архангельское, в 4,3 км.
В 1897 году в Ботьме была учреждена земская школа, а в соседней Ерзовке в 1901 году церковно-приходская, эта деревня в 1914 голу входила в новообразованный приход, в ней находилась часовня. С 1908 года должность церковного старосты исполнял крестьянин Сергей Митюгин.
Единственное упоминание о Никольском храме в официальных документах содержится в протоколе № 20 исполкома Чердаклинского района от 14 августа 1941 года: «Заслушав сообщение зам. пред. исполкома Райсовета тов. Болтунова о закрытии церкви в селе Ботьма, Исполком Райсовета устанавливает, церковь в селе Ботьма за последние 5-6 лет разрушается, бывший церковным совет в данное время частично шбыт из пределов сельсовета и оставшие члены церковного совета категорически отказались от уплаты арендной планы и выдрали подписку Рао с просьбой о передаче церкви в распоряжение сельсовета. Кроме этого, 5 августа 41 года на собрании граждан села Ботьма внесено решение о закрытии церкви. Исполком Райсовета депутатов трудящихся решает: В связи с выше перечисленныши фактами церковь в селе Ботьма закрыть. Просить Исполком Облсовета утвердить данное решение. Председатель Чердаклинского Исполкома Райсовета депутатов трудящихся Власов. Секретарь исполкома Райсовета депутатов трудящихся Тамаров».
По аналогии с судьбой Михайло-Архангельского храма в селе Архангельское можно утверждать, что Никольскую церковь взорвали перед затоплением в 1955 году. А ведь ей было всего лишь 47 лет, и стоять бы зданию ещё несколько веков.
