В октябре 1833 года на общем мирском сходе решили выстроить вместо обветшавшего новый уже каменный храм, заодно переосвятить его в честь Иоанна Предтечи, в честь хранящейся на погосте чудотворной иконы. Но при подворном сборе на это средств денег оказалось недостаточно, а потому в марте 1838 года нижегородскому епископу Иоанну докладывалось, что «приходские к селу Богомолову Балахнинского уезда удельные крестьяне изъявили желание исправить существующую в их селе более трехсот лет деревянную церковь, ввесть в стены вместо ветхих новые бревна, обшить тесом, подвесть каменный фундамент, устроить в трапезе теплый придел во имя святого Иоанна Предотечи и на настоящей, купол, которого доныне не было».
По существовавшим тогда правилам, такую значительную по объему работу следовало выполнять под надзором профессионального архитектора. А потому в Богомолово был направлен из Нижнего Новгорода архитектор Удельной конторы Анисимов, который извещал, что им «снята упоминаемая церковь на план с фасадам в таком точно виде, в каком она существует, с прибавлением нового купола по желанию прихожан».
Перестройка храма продолжалась сравнительно долго. Лишь на исходе 1839 года в трапезной освятили приделы в честь Пророка Илии и Иоанна Предтечи. Главный же престол освятили только в ноябре 1841 года.
В списке населенных мест Российской империи середины XIX века указывалось, что погост Богомолово расположен при речке Пустохе, что на нем стоит одна православная церковь, 4 жилых двора, а в них 6 мужчин и 5 женщин.
Таким малодворным, но признанным в округе духовным центром, Богомолово вступило в XX век, век социальных катаклизмов, революций и коренных преобразований, нарушивших веками складывавшиеся устои жизни далекой российской глубинки, каким и было на рубеже XIX и XX веков городецкое село Богомолово.
