Трудно назвать количество храмов и монастырских обителей, построенных к концу XIX века в России – в том числе и в Сибири — в честь Святителя Николая. В начале XX века строительство новых храмов в честь любимого и почитаемого русским народом святого продолжалось. Не был исключением и город Барнаул. Никогда ещё не знал наш город такого размаха храмового зодчества, как в то время. Одновременно строились Покровская церковь в Зайчанской слободе, Троицкая церковь в нагорной части города, храм Воздвижения Честнаго и Животворящего Креста Господня, ныне в этом здании, что на территории парка меланжевого комбината, находится планетарий, церкви во имя иконы Казанской Пресвятой Богородицы и Святителя Иннокентия Иркутского на территории женского монастыря, деревянные храмы в Острожном переулке и в тюремном замке. В это же время улицы города украсили и несколько великолепных часовен, построенных по проектам замечательного алтайского архитектора Ивана Носовича. Была возведена деревянная часовня на ключе Святителя Николая, недалеко от Богородице-Казанского женского монастыря.
А на центральной улице Барнаула – Московском проспекте – появилась солдатская или полковая, Никольская церковь. В начале XX века в России действовало правило, согласно которому в тех районах, где дислоцировались русские воинские силы численностью не менее батальона, нужно было строить солдатские храмы, а там, где это было невозможно, стали появляться походные воинские церкви и даже церкви-вагоны. В городе в то время находился Барнаульский стрелковый полк, поэтому вопрос о строительстве храма был предрешён, тем более что военное ведомство выделило для этих целей 36 000 рублей, а Главный штаб предложил проект кирпичной церкви, вмещающей 630 человек, причем этот проект был одобрен Государем Императором Николаем II.
18 апреля 1903 года на очередном заседании городской думы первым рассматривался вопрос о выделении городской территории для строительства полковой церкви. В то время, кстати, Барнаул испытывал нехватку городской земли, но все же дума решила этот вопрос положительно: для строительства храма было отведено 290 квадратных сажен земли на углу Московского проспекта и Второй Алтайской улицы, недалеко от полковых казарм. Уже весной 1904 года войска Барнаульского гарнизона при широком стечении публики участвовали в торжественном освящении места и закладке первого камня полковой Никольской церкви.
Строительство шло очень быстро: в конце декабря того же года благочинный протоиерей Анемподист Завадовский сообщил в Томскую духовную консисторию, что стены и крыша храма завершены, однако внутренние отделочные работы еще не начинались. Быстрые темпы строительства церкви можно объяснить не только хорошим финансированием, но и тем, что в строительных работах принимали участие как солдаты Барнаульского гарнизона, так и местные жители – об этом вспоминали многие старожилы Барнаула. Не было тогда для русского человека большей чести, чем строить храм.
В феврале 1906 года Никольская церковь была освящена – на строительство ее ушло менее двух лет. С того времени все призывавшиеся на воинскую службу из Барнаула принимали здесь присягу. Но не только военнослужащие посещали эту церковь. Для жителей Алтайских улиц она была самой ближней, поэтому и в будни, и в праздники они приходили сюда молиться. К Никольской церкви примыкала значительная территория, свободная от каких-либо строений. Ее прекрасно было видно со всех сторон, а потому именно здесь неоднократно проводились народно-патриотические праздники и манифестации – к примеру, празднование 100-летия Бородинской битвы, 300-летие царствования Дома Романовых и многие другие.
Никольская церковь разделила участь всех других церквей города: в 30-е годы прошлого века прекрасные колокольня и купол были разрушены, колокола разбиты, а чтобы ничто не напоминало о том, что когда-то здесь был православный храм, замаскировали даже кресты, украшавшие некогда стены здания. Какое-то время Никольская церковь пустовала, затем в ней разместился воинский клуб. В 1992 году, после принятия решения о возвращении Русской православной церкви сохранившихся, но в большей степени полуразрушенных церковных зданий, она была возвращена в руки законных владельцев – православных верующих. С этого времени в Никольской церкви совершаются ежедневные богослужения.
К великой скорби прихожан и причта Никольской церкви, в ней были уничтожены все росписи, ранее украшавшие стены храма. Не сохранились иконы и священные книги. Но это совсем не значит, что здесь нет старинных или, как говорили когда-то на Руси, «намоленных», самых почитаемых икон – они есть в храме. Среди них – прекрасный образ Пресвятой Богородицы, перед которым всегда горит великое множество свечей. Нет такого прихожанина, который, находясь в храме, не подошел бы и не поклонился Царице Небесной. Эта храмовая икона, написанная в конце XIX века, находилась когда-то в одном из сел Тогульского района Алтая и чудом была спасена от поругания и уничтожения в советские времена. В течение полувека ее благоговейно хранили и передавали из рук в руки местные жители, пока в начале 80-х годов она не попала к сотрудникам Алтайского краеведческого музея. И через десять лет, во время открытия Никольской церкви, храм получил этот дар – сохраненный Промыслом Божиим святой образ, воистину бесценный. Еще один дар, полученный тогда же, — великолепный благозвучный колокол, изготовленный в 1903 году.
Никольский храм постепенно восстанавливается. Известным барнаульским художником В. Коньковым завершена его внутренняя роспись, готов новый иконостас, написанный палехскими мастерами-иконописцами, поднялась новая колокольня. Планируется возвести купол – и тогда улучшится акустика в алтаре, и вновь, как когда-то, в полную силу прозвучат для прихожан слова православного богослужения: «Благословен Бог наш всегда, ныне и присно и во веки веков».
4 июня 2006 года Никольский храм встретил свой вековой юбилей. Накануне празднования юбилея, 3 июня, после окропления святой водой, челябинские рабочие подняли два купольных барабана диаметром 2 и 6 метров, на надалтарную башню. Таким образом завершился последний этап подготовки храма к празднованию 100-летнего юбилея.
21 мая 2007 года перед вечерним богослужением Преосвященнейший Максим, Епископ Барнаульский и Алтайский, освятил новые кресты на Никольский храм г. Барнаула.