Основание Николаевского монастыря неразрывно связано с воспоминанием об основателе его Феофилакте Яковлеве. Н. М. Щегольков, из исторических сведения о городе Арзамасе, сообщает, что «около 1580 года один из жителей Арзамаса Феофилакт Яковлев, по своему усердию и на собственный счет построил деревянную церковь во имя Николая Чудотворца». Об этом свидетельствовала грамота царя Алексея Михайловича, данная 28 марта 1670 года стольнику князю Леонтию Шайсупову и написанная на семи склеях со скрепом дьяка Ивана Степанова, «как де тот Никольский девич монастырь построен тому лет с девяносто и больше», т.е. в 1580 году или ранее. Вскоре известный уже нам игумен Спасского монастыря Сергий принес в дар этому храму резной образ святителя Николая, именуемого Можайским, и предложил Феофилакту обустроить при этом храме девичий монастырь. Идея создания женского монастыря, какового еще не было в городе, была поддержана Феофилактом. И он строит неподалеку еще одну деревянную теплую церковь во имя Богоявления с приделом Святого Георгия Победоносца, с жилыми подклетами и деревянной папертью, а также колокольню и 30 отдельно стоящих келий. Всю территорию огородили забором. Очевидно, благословение на учреждение монастыря было получено ранее, перед строительством всех этих сооружений.
В начале XVII века Арзамас, как и многие другие русские города, был застроен деревянными зданиями, а потому очень часто страдал от опустошительных пожаров. Так, в 1643 году сгорел Воскресенский собор в кремле. А в 1650 году в результате сильного пожара, произошедшего от молнии, огнем были уничтожены обе церкви, все кельи и ограда Николаевского женского монастыря, а также находящиеся рядом башни кремля и часть крепостной стены. Прекрасные деревянные храмы, древние иконы, резные иконостасы и многие церковные вещи, все это превратилось в пепел и прах. Куда разошлись бедные погорелицы монахини Николаевского монастыря, неизвестно. Можно предположить, что их приютила под своей крышей Алексеевская обитель. И все же монахини Николаевского монастыря не разошлись врозь совсем. Монастырь через некоторое время был возрожден, правда, не в прежних размерах. По мнению исследователя истории Арзамаса Н. М. Щеголькова, в 1650 году была еще жива жена основателя Николаевской обители иерея Феофилакта старица Пелагея. Вместе с сыновьями, Григорием и Афанасием, построили на прежнем месте новую деревянную теплую церковь во имя Богоявления. Нелегко возрождалась обитель, этот храм был единственным около 30 лет. Вторую церковь, очевидно памятуя о пожаре, решили построить из камня. Соборный холодный каменный храм во имя Николая Чудотворца начали строить спустя несколько лет, но возводился он очень медленно и был освящен лишь в 1683 году.
В 1738 году восстановили каменную Никольскую церковь, а над западной папертью возвели трехъярусную каменную же колокольню. В 1740 году была построена теплая деревянная церковь во имя Богоявления. В 1926 году монастырь был закрыт, переименован в «Комсомольский городок» и частично разрушен, сестры разогнаны.
18 декабря 2015 года в Арзамасском монастыре был освящен Никольский собор, в котором теперь ежедневно приносится Бескровная Жертва. В свой родной храм вернулся резной образ святителя Николая Можайского, подаренный еще при основании Николаевской обители игуменом Спасского монастыря Сергием. Вскоре после возобновления монастыря в нем появилась и другая святыня, чудотворная икона Божией Матери «Избавление от бед страждущих», и с тех пор Царица Небесная не оставляет насельниц Своей помощью. Тысячи паломников ежегодно стекаются в Николаевскую обитель к этому образу и укрепляются в вере, получают от Пресвятой Богородицы исцеления, избавления от семейных и прочих бед.
