Храм Михаила Малеина является старообрядческой церковью. Храм расположен к югу от церкви Рождества Богородицы, на улице Молотковской. Первое упоминание о церкви датируется 1199 годом. Каменное здание было построено спустя несколько столетий. Согласно памятной доске, в 1557 году к церкви была пристроена трапезная и колокольня. К сожалению, в архивных документах не сохранились данные ни о заказчике, ни о строителе трапезной и колокольни. Эта застройка несколько ухудшила полный обзор памятника. В древности здесь находился Богородицкий Монастырь, названный еще Михалицким. Трапезная имеет два престола, во имя Михаила Малеина и Собора Рождества Богородицы. Храм крестообразный в плане, однокупольный. Это бесстолпная церковь с глухим барабаном. Фасады храма прорезаны лопатками и завершаются двухуступчатым килевидным окончанием. На северном фасаде церкви выстроены оконные проемы 17 века. В центре северного фасада Трапезной находится портал 17 века, который был отреставрирован. Свод храма лотковый. Своды алтаря выстроены по типу коробовых, а свод Трапезной упирается на поддерживающий столб. Стены храма простые, отштукатуренные, без декора. Единственным украшением здания являются арочные ниши над окнами.
Примечательна примыкающая к северо-западной стороне храма, шестигранная шатровая колокольня. Строение трехъярусное, основной объем высокий, квадратный в плане, с выделенными углами в форме столбов. Второй ярус почти глухой, с небольшими световыми окошками. Фасады второго яруса украшены ложными арочными проемами. На третьем ярусе располагается открытая звонница. Угловые прямоугольные колонны звонницы соединяются под шатром арками. По нижнему уровню третьего яруса колонны соединены между собой ажурными балюстрадами. Кровля каждого яруса выступает за пределы стен резным узором в виде пик. Таким же узором украшено и основание шатра.
Во время Великой Отечественной войны, наряду с другими зданиями Великого Новгорода, храм, сильно пострадал. Взрывы и снаряды повредили стены и своды здания, образовав на них расслоения и сквозные трещины. Сильный взрыв снес покрытие церкви. Чтобы здание не разрушилось полностью, сразу после войны на ней была выстроена временная крыша. Восстановительные и реставрационные работы были проведены позже, в 1959-1960 годах. Автором и руководителем реставрационного проекта был архитектор Г.М. Штендер. В процессе работ были отреставрированы дверные и оконные проемы. Были переделаны ниши, путем замены горизонтальных перемычек килевидными. Была полностью заменена кровля. Ее новая конструкция соответствует общепринятым формам 17 века. Был приведен в порядок и отреставрирован интерьер, возвращен прежний вид шатровой колокольне, на которой взрывом были снесены шатер и маковица. Несмотря на отсутствие декора и простоту архитектурного исполнения храма, он смотрится величественно и гордо. Глядя на храм, невольно вспоминается, что, несмотря на скоротечность и изменчивость времен, есть ценности вечные и постоянные.
