О существовании в Астрахани церкви в честь Михаила Архангела известно ещё с середины ХVII века. В расспросных листах 1672 года по делу убиения астраханского митрополита Иосифа указан и «деревянного подола поп церкви Михаила Архангела». Церковь эта располагалась в Земляном городе в одной из стрелецких слобод, тянувшейся вдоль южной стены Белого города. Эта слобода, называвшаяся Змиева, по имени стрелецкого полковника, была самой восточной из них и примыкала к самой стене Земляного города, где имелись даже ворота – Архангельские. Рядом со Змиевой слободой уже в конце ХVII века стали селиться армяне, для которых был построен особый гостиный каменный двор. После стрелецкого «свадебного» бунта 1705 – 1706 годов большинство дворов Змиевой слободы запустело. На их месте стали расселяться армяне и вскоре заняли её полностью. О деревянной Михаило-Архангельской церкви на этом месте с начала ХVIII века больше нигде не упоминается. Дальнейшая её история была связана с Ямгурчеевой слободой. Названа она была так по имени последнего астраханского хана Ямгурчея, якобы имевшего на этом месте своё становище, или по имени какого-то влиятельного ногайского мурзы.
Появление русской слободы за рекой Кутум на месте его излучины, относится к началу ХVIII века. В это время полковником Михаилом Лебедевым здесь был выстроен полковой госпиталь, и в нём была устроена деревянная церковь в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радосте». В 1727 году эта церковь сгорела. К середине века Ямгурчеева слобода становится довольно многолюдной. Кроме полкового госпиталя, здесь были устроены казармы, где были размещёны солдаты стоящего здесь Кавказского линейного батальона, а позже казачий полк. Ямгурчеева слобода превратилась в солдатскую слободу, но, кроме солдат, здесь уже имелось значительное посадское население, занимающееся различными ремёслами. Жители слободы стали поговаривать об обустройстве здесь собственной церкви. Тогда-то они и обратили внимание на старую Воскресенскую церковь.
Воскресенская церковь была построена в Казанской стрелецкой слободе ещё в середине ХVII века. Первые упоминания о ней восходят к 1672 году. Вероятнее всего, Казанская слобода появляется в Астрахани намного раньше, при расселении стрельцов в Земляном городе. После известного восстания Стеньки Разина сюда был направлен на поселение солдатский тысячный полк. В конце ХVII века была значительно увеличена в Астрахани численность солдат, которых продолжали селить в Казанской слободе, а позже начали обустраиваться и новые солдатские слободы. В 1697 году в Казанской слободе уже упоминается церковь в честь Покрова Богородицы, но, скорее всего, она была не приходской, а приписной или придельной. Это видно из того, что в 1747 году Воскресенская церковь, что в Казанской солдатской слободе, имела придел в честь Покрова Богородицы. В «Ключаревской летописи» приводится рассказ о том, что бывший в Астрахани в 1722 году губернатор Артемий Петрович Волынский, ожидая приезда Государя императора Петра I, велел все деревянные, находящиеся в кремле дома снести, а церкви деревянные перенести в другое место. Тогда же была перенесена из кремля и Воскресенская церковь, на место, где позже образовался «армянский базар», и переименована в честь Казанской иконы Божией Матери, почему и слобода та стала называться Казанскою. В этом рассказе есть несомненная доля истины, так как кремлёвская Воскресенская церковь могла быть перенесена на место прежде стоявшей здесь местной Воскресенской, которая могла к тому времени и сгореть, по причине частых в Астрахани пожаров. Но о переименовании Воскресенской церкви в Казанскую, скорее всего, здесь неверное указание, так как слобода могла быть названа Казанской в честь какого-либо присланного из Казани стрелецкого или солдатского полка.
Храм был расписан священными изображениями в 1836 году. В 1905 году были расписаны новоустроенные стены храма, а старая роспись обновлена. Главный иконостас был изготовлен известным мастером Фёдором Коновичем Моисеевым в 1901 году, трёхъярусный, изящной резной работы, вызолоченный на полимент. Иконостасы придельных алтарей, также вызолоченных на полимент, были установлены в 1905 году. Этот храм был единственным в Астрахани, в котором имелись скульптурные изображения святых.
В 1923 году Михаило-Архангельский храм был захвачен обновленцами. В 1936 году он был закрыт и в том же году взорван.
