Первое упоминание о храме во имя Архангела Михаила относится к 1616 году Храм был деревянным, в 1697 году он был уничтожен огнем. В 1781 году на месте деревянной церкви Михаила Архангела по благословению епископа Тобольского и Сибирского Варлаама I была заложена каменная двухъярусная церковь. Первоначально предполагалось, что вновь возводимая церковь будет одноэтажной с приделом во имя св. Предтечи и Крестителя Господня Иоанна, однако в процессе строительства было решено возвести двухэтажное здание, с размещением на 1-ом этаже теплой церкви во имя Архистратига Божия Михаила, освящена в 1791 году, а на втором – холодной церкви во имя Предтечи и Крестителя Господня Иоанна, освящена в 1824 году.
В 1898-1899 годах был выстроен одноэтажный северный придел, освященный во имя святого праведного Симеона Верхотурского, чудотворца и покровителя Сибири.
В 1911 году церковь дважды посещал епископ Тобольский и Сибирский Евсевий Гроздов. В 1920 году храм был закрыт для службы. В 1922 году по декрету ВЦИК из храма было конфисковано более 5 пудов серебряной утвари и ценных камней. С 1930-х годов помещения храма реконструировались под клуб, контору, гараж, склады. В 1934 году сняты купола, разобрана колокольня. В 1940-1960-х годах были разобраны портик главного входа и лестница на 2-ой этаж. В 1941 году храм преобразован под гарнизонную прачечную, в 1945 году — под столовую и общежитие. Позднее в нем располагались завод №769, административные помещения различных организаций.
С 1976 года церковь взята под охрану государства как памятник истории и культуры регионального значения.
В 1991 году в храме начались ремонтно-реставрационные работы, началось поэтапное возвращение храма Русской Православной Церкви.
В 1997 году ответственность за восстановление храма была возложена на иерея Николая Егорова. С 1997 года велись работы по восстановлению четверика, колокольни, куполов и сводов храма. В 1998 году началась внутренняя отделка верхнего придела храма и строительство лестницы, ведущей на 2-ой этаж. Были очищены настенные росписи 2-ой половины XIX — начала XX веков.
В 1999 г.одув престольный праздник, 21 ноября, в приделе Архангела Михаила была проведена первая служба. В 2000 году настоятелем храма был назначен иерей Николай Егоров.
Силами прихода произведена полная реставрация храма, внутренние и наружные штукатурные работы, установка позолоченных крестов, строительство притвора, изготовление иконостасов. Создана система отопления, освещения, установлены деревянные и мраморные полы, новые оконные и дверные блоки. В 2005 году освящены и установлены вновь отлитые колокола на восстановленную колокольню.
В приходе имеется приписной храм-часовня во имя святого праведного Лазаря Четверодневного на Червишевском кладбище г.Тюмени. Освящен священническим чином в 2003 году. Построил храм Евсеев Анатолий Васильевич.
